若开具红字通知单时对方不配合确认，可按以下步骤处理：
明确红字通知单的法律性质与对方义务
红字通知单（如增值税红字发票信息表）本质是税务流程中用于冲销原交易凭证的文件，开具方需基于真实交易背景发起申请。根据《增值税发票开具及使用规定》，若原交易存在退货、折让或开票有误等情形，销售方有权单方发起红字通知单申请，但需通过税务系统提交证明材料（如合同、退货协议、双方沟通记录等）。对方不配合确认不影响申请流程的合法性，但可能延长税务审核时间。
分情况处理对方不配合的情形
- 若对方拒绝沟通或恶意拖延：
立即通过书面形式（如邮件、律师函）留存证据，明确告知对方其配合义务及法律后果（如税务处罚、民事赔偿风险）。若对方仍不回应，可直接向主管税务机关提交申请，并附上交易证明材料及对方不配合的证据（如沟通记录截图、快递拒收证明等）。税务机关审核通过后，红字通知单仍可生效。
- 若对方否认交易或拒绝签字：
需补充提供交易真实性证明（如银行流水、物流单据、双方签署的原始合同等），证明红字通知单的开具符合税务规定。若对方主张交易不存在，可考虑通过诉讼确认交易效力，再凭生效判决申请红字通知单。
预防性措施与后续风险管控
- 事前约定：在合同中明确“若需开具红字通知单，双方应在X日内配合完成确认流程，逾期视为默认同意”，通过合同条款约束对方行为。
- 证据留存：全程保留与对方的沟通记录（如微信、邮件、录音等），确保在对方不配合时能证明己方已履行告知义务。
- 税务合规：确保红字通知单的申请理由（如退货、开票错误）与实际交易情况一致，避免因虚假申请被税务机关处罚。
总结：对方不配合确认不影响红字通知单的合法申请，但需通过留存证据、补充材料、主动沟通等方式推动流程。若对方恶意阻挠，可依法通过税务机关或诉讼途径解决。如有具体操作疑问，可进一步向我提供交易细节，我会协助分析风险点。