结论：员工在法定节假日休息时，公司按事假算扣两倍工资是违法的。法定节假日是带薪休假，员工即使未出勤工作，也应获得正常的工资报酬，公司无权扣除，更不能扣除双倍工资。

详细分析：

1. 法定节假日的工资支付规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着法定节假日是带薪休假，员工享有休息的权利，且在此期间应获得正常的工资报酬，公司不得因员工休息而扣减工资。
   • 举例来说，如果国庆节期间员工选择休息，公司应当按照正常工资标准支付员工此期间的工资，不得以任何理由扣除，更不能扣除双倍工资。

2. 休息日与法定节假日的区别：

   • 休息日（如周六、周日）与法定节假日不同。在休息日，员工享有休息的权利，用人单位应保证员工每周至少休息一日。若用人单位因生产经营需要安排员工在休息日加班，之后应给予补休或按照不低于工资的200%支付加班工资。但这是在员工加班的情况下的补偿，与法定节假日的带薪休假性质不同。
   • 因此，公司不能将法定节假日的休息视为事假，并据此扣除工资，这种做法违反了法律规定。

3. 违法扣款的法律后果：

   • 如果公司违法扣除员工法定节假日的工资，将侵犯员工的合法权益。员工有权通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。
   • 在实际操作中，员工应保留好相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在维权时提供有力支持。

4. 特殊情况下的工资支付：

   • 值得注意的是，如果公司在法定节假日安排员工工作，根据《劳动法》第四十四条的规定，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，即三倍工资，作为对员工放弃休息的补偿。
   • 但这并不意味着公司可以在法定节假日不安排员工工作的情况下扣除工资。法定节假日的带薪休假是员工的法定权利，公司必须予以尊重。

建议：

• 作为员工，应了解自己的合法权益，包括法定节假日的带薪休假权利。如果公司存在违法扣除工资的行为，应勇敢站出来维权。
• 作为公司，应严格遵守法律法规，尊重并保障员工的合法权益。在安排员工工作时，应合理规划，避免在法定节假日安排员工工作（除非确实必要），并依法支付加班工资。

总结：员工在法定节假日休息时，公司按事假算扣两倍工资是违法的。员工应了解自己的合法权益，并在权益受到侵害时采取适当的措施进行维权。同时，公司也应严格遵守法律法规，共同构建和谐稳定的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。