公司是否有权因仓库整理乱而处罚员工，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度的角度：
- 如果公司有明确的规章制度，且该规章制度中规定了仓库整理的标准以及未达到标准时的处罚措施，同时这些规章制度已经通过合法程序（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定）制定并公示或告知了员工，那么公司有权依据这些规章制度对员工进行处罚。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
处罚合理性的角度：
- 即使公司有规章制度作为依据，处罚也必须合理。如果处罚过重或与员工的过错不成比例，员工有权提出异议，甚至可以通过法律途径维护自己的权益。
- 示例：如果员工只是因为疏忽导致仓库整理稍乱，而公司却给予了严厉的处罚（如罚款、降职等），这种处罚可能被视为不合理。
员工过错程度的角度：
- 如果仓库整理乱是由于员工的故意或重大过失造成的，且给公司带来了实际损失或不良影响，公司有权根据规章制度进行处罚。
- 示例：如果员工故意将仓库弄得一团糟，导致公司无法正常运营或客户投诉，公司有权对员工进行处罚。
法律限制的角度：
- 公司处罚员工时，必须遵守相关法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。例如，公司不得随意罚款（除非符合特定条件，如因员工本人原因给公司造成经济损失且可以从工资中扣除的部分有明确规定）、不得侮辱或体罚员工等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
建议：
- 对于公司而言，应制定明确、合理的规章制度，并确保这些规章制度已经通过合法程序制定并公示或告知了员工。在处罚员工时，应确保处罚与员工的过错程度相匹配，并遵守相关法律法规的规定。
- 对于员工而言，应了解并遵守公司的规章制度。如果认为公司的处罚不合理或侵犯了自己的合法权益，可以与公司进行沟通协商或寻求法律援助。
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