公司申报个人所得税两个月一起申报，在符合特定条件下是合法的。具体分析如下：

1. 正常申报周期与特殊情况
   根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人所得税通常由扣缴义务人（如公司）按月预扣预缴，并在次月15日内申报缴纳。但若公司因系统故障、财务人员疏忽、节假日调整等客观原因导致某个月未能及时申报，税务机关可能允许其补报或合并申报。这种情况下，合并申报是合法的，但需及时向税务机关说明原因并补办手续。

2. 合并申报的合法性边界
   若公司故意将两个月的个税合并申报以逃避监管（如隐瞒收入、少缴税款），则属于违法行为。税务机关可能依据《税收征收管理法》第六十二条，对未按规定期限申报的行为处以罚款（最高可达1万元）；若涉及偷税，还可能面临补缴税款、滞纳金及罚款（0.5倍至5倍税款）的处罚。

3. 实务建议

   • 合规操作：公司应尽量按月申报，避免合并。若因特殊情况需合并，需提前与税务机关沟通并取得许可。
     
   • 证据留存：保留系统故障记录、节假日通知等证明材料，以备税务检查。
     
   • 及时补救：若已合并申报，需在发现后立即补缴税款并主动向税务机关说明情况，降低处罚风险。

总结：两个月合并申报的合法性取决于是否符合税务机关的特殊规定或是否存在合理事由。若您遇到此类问题，可进一步提供具体细节（如合并原因、税务机关反馈等），我将为您分析具体风险及应对方案。