核心结论：承包土地种桉树要办砍伐证但甲方不配合，你可以通过协商、向相关部门反映、依法起诉等方式来维护自身权益，确保能合法办理砍伐证进行桉树砍伐。

具体分析如下：

1. 协商解决
   • 首先，尝试与甲方进行友好、诚恳的沟通。向甲方详细解释办理砍伐证的必要性和法律依据，比如根据《中华人民共和国森林法》规定，采伐林地上的林木应当申请采伐许可证，并按照采伐许可证的规定进行采伐。让甲方明白办理砍伐证是合法砍伐桉树的必要程序，不办理可能会面临法律风险，如罚款、责令补种树木等。
   • 说明办理砍伐证对于双方的好处，比如合法砍伐后可以顺利开展后续的土地利用或经营活动，避免因违法砍伐带来的纠纷和损失。通过沟通，争取甲方的理解和配合，共同去办理砍伐证。
2. 向相关部门反映情况
   • 如果协商无果，你可以向当地林业主管部门反映甲方不配合办理砍伐证的情况。林业部门有责任对森林资源的采伐进行管理和监督，他们会根据实际情况进行调查和协调。
   • 向林业部门提供相关的证据，如土地承包合同，证明你对土地上的桉树有合法的经营权和砍伐需求；还可以提供与甲方沟通的记录，如聊天记录、通话录音等，证明你已经尽力与甲方协商但未取得效果。林业部门可能会出面与甲方沟通，督促其配合办理砍伐证。
3. 依法起诉
   • 若上述方法都无法解决问题，你可以考虑通过法律途径维护自己的权益。以甲方不履行合同义务（如果土地承包合同中有关于办理砍伐证相关义务的约定）或侵犯你的合法权益为由，向法院提起诉讼。
   • 在起诉前，要收集充分的证据，除了前面提到的土地承包合同、沟通记录外，还可以收集能证明桉树是你种植且达到砍伐条件的相关证据，如种植时间、养护记录等。法院会根据事实和法律规定进行判决，如果判决甲方有义务配合办理砍伐证，但甲方仍不履行，你可以申请法院强制执行。