当刑事诉讼案件在法院受理后，发现不应当受理时，这是一个涉及司法程序和当事人权益的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、理解不应当受理的情形
首先，我们需要明确“不应当受理”通常指的是案件不符合法律规定的受理条件，如案件不属于该法院管辖、申诉主体不适格、申诉期限已过、材料不齐全或存在其他法定不受理的情形等。
二、法院的处理方式
裁定不予受理：
- 如果法院在审查后认为案件不应当受理，它会作出裁定不予受理的决定。
- 这个裁定应当明确说明不予受理的理由，并告知当事人有权在法定期限内提出上诉或采取其他救济措施。
退回材料并说明原因：
- 在某些情况下，法院可能会选择将材料退回给当事人，并附上书面说明，指出案件不应当受理的具体原因。
- 当事人可以根据这些原因进行补正或调整，然后再次尝试提交。
三、当事人的应对策略
仔细审查裁定或说明：
- 当事人应认真阅读法院作出的裁定或退回材料的说明，明确不受理的具体原因。
补正材料或调整策略：
- 如果不受理的原因是材料不齐全或存在错误，当事人应尽快补正或修正材料，并重新提交。
- 如果不受理的原因是案件不属于该法院管辖，当事人应向有管辖权的法院提交申诉。
- 如果不受理的原因是申诉期限已过，当事人可能需要考虑其他救济途径，如向上级法院申诉或向检察院申请监督。
向上级法院申诉：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，可以向上一级人民法院提出申诉。
- 申诉时，应准备详细的申诉状，包括原审法院不受理的情况、申诉的事实和理由，以及相关证据材料。
向检察院申请监督：
- 根据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，人民检察院对人民法院的判决、裁定有权进行监督，并可提出抗诉。
- 当事人可以向与原审法院同级的人民检察院提出申请，提交申诉材料、法院不受理的相关证明材料等，请求检察院对法院的行为进行监督。
寻求其他合法途径：
- 如果上述途径均无法解决问题，当事人还可以考虑向人大信访部门反映情况，请求人大关注并协调解决。
- 同时，当事人也可以寻求法律援助或律师的帮助，以获取更专业的法律建议和申诉策略。
四、注意事项
- 保持冷静和理性：面对法院不受理的情况，当事人应保持冷静和理性，避免采取过激行为或发表不当言论。
- 了解自己的权益：当事人应充分了解自己的权益和申诉途径，以便在必要时采取正确的行动。
- 及时行动：一旦发现法院不应当受理案件，当事人应及时采取行动，以免错过申诉期限或其他救济时机。
综上所述，当刑事诉讼案件在法院受理后发现不应当受理时，当事人应仔细审查法院的裁定或说明，根据具体情况采取补正材料、调整策略、向上级法院申诉、向检察院申请监督或寻求其他合法途径等措施来维护自己的合法权益。