若要起诉京东，且发票是由分公司开具的，一般应以与您发生实际交易关系且开具发票的分公司为被告；但如果分公司不具有独立承担民事责任的能力，则需将总公司列为共同被告或直接起诉总公司。具体分析如下：

1. 以分公司为被告的情况：

   • 如果分公司具有相对独立的经营管理和财产，且能够独立承担民事责任（这通常取决于分公司的注册资金、经营范围以及是否领取了营业执照等因素），那么您可以直接以该分公司为被告提起诉讼。
   • 在这种情况下，分公司作为独立的民事主体，将对其行为承担法律责任。

2. 以总公司和分公司为共同被告或仅以总公司为被告的情况：

   • 如果分公司不具有独立承担民事责任的能力，或者其财产不足以清偿债务，那么根据《公司法》的相关规定，您可以将总公司和分公司列为共同被告，或者直接起诉总公司。
   • 总公司作为分公司的设立者和上级机构，通常对分公司的债务承担连带责任或补充责任。

在决定起诉前，建议您采取以下步骤：

• 核实分公司的法律地位：通过查询分公司的营业执照、注册资金等信息，了解其是否具有独立承担民事责任的能力。
• 收集证据：包括交易合同、发票、付款记录等，以证明您与分公司之间的交易关系以及分公司应承担的责任。
• 咨询专业意见：在起诉前，您可以进一步向我咨询，以更准确地评估案件情况和制定诉讼策略。