结论：迟到扣工资200元是否合理，需结合具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及扣款后的工资是否低于当地最低工资标准等因素。
分析：
公司规章制度与劳动合同：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权制定规章制度，但这些规章制度必须合法、合理，并且需经过民主程序制定，向劳动者公示。如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣款的金额和条件，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度扣款是合法的。
- 同时，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了迟到扣款的条款，并且这一条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同扣款也是合法的。
扣款金额的合理性：
- 即使公司规章制度或劳动合同中规定了迟到扣款，扣款金额也应当合理。一般来说，扣款金额不应过高，以至于影响劳动者的基本生活。如果迟到一次就扣200元，对于月工资仅为2600元的劳动者来说，可能显得过高，尤其是当这种扣款频繁发生时。
- 此外，根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。以月工资2600元为例，每月最多扣除的金额为\(2600元 \times 20\% = 520元\)，但还需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。不过，这一规定主要适用于因劳动者原因给用人单位造成经济损失的情况，迟到是否构成此类情况需根据具体事实判断。
当地最低工资标准：
- 即使公司规章制度或劳动合同中规定了迟到扣款，扣款后的工资也不得低于当地最低工资标准。如果扣款200元后，劳动者的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣款是不合法的。
建议：
- 劳动者应首先查看公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于迟到扣款的规定。
- 如果认为扣款不合理或违法，可以与公司进行协商，要求公司调整扣款金额或方式。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
示例：
假设某地区最低工资标准为2000元/月，劳动者月工资为2600元，迟到一次扣200元。如果劳动者本月迟到一次，扣款后工资为2400元，高于最低工资标准，且公司规章制度和劳动合同中均有明确规定，那么这种扣款可能是合法的。但如果劳动者本月多次迟到，每次均扣200元，导致扣款后工资低于最低工资标准，或者公司规章制度和劳动合同中未明确规定迟到扣款，那么这种扣款就是不合法的。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。