核心结论：公司注销4年后合同丢失导致无法直接证明未虚开发票，可通过收集间接证据、申请税务机关协助调查、利用法律程序救济等途径来应对，以下为你详细介绍：

收集间接证据证明未虚开发票

1. 业务往来记录
   • 尽管合同丢失，但公司过往的业务往来中可能存在其他相关记录。例如，与交易对方的沟通记录，包括邮件、短信、微信等，这些记录中可能提及交易的具体内容、金额、货物或服务信息等，能够侧面证明交易的真实性。
   • 物流单据也是重要的间接证据。如果涉及货物交易，发货单、运输单据、收货单等可以证明货物的实际流转情况，与发票上的信息相互印证，说明发票并非虚开。
   • 付款凭证同样关键。银行转账记录、支票存根等能够显示资金的流向，证明公司确实为交易支付了款项，或者收到了对方的款项，从而佐证交易的真实性。
2. 公司内部文件
   • 公司的财务账簿、报表等内部文件可以反映公司的财务状况和交易情况。通过审查这些文件，可以找到与发票相关的记录，如收入确认、成本核算等，以证明发票对应的交易在公司财务上有合理的体现。
   • 会议纪要、审批文件等也可能包含与交易有关的信息。例如，公司内部关于某笔业务的讨论会议纪要，可能记录了交易的背景、目的和决策过程，有助于证明交易的真实性。
3. 证人证言
   • 公司的员工，尤其是参与过相关交易的员工，可以作为证人提供证言。他们可以描述交易的具体过程、与交易对方的沟通情况等，为证明未虚开发票提供人证支持。
   • 如果交易对方能够出具证明或提供证人证言，说明交易的真实性，这将是非常有力的证据。可以尝试与交易对方沟通，争取其配合提供相关证明材料。

申请税务机关协助调查

1. 提交书面申请
   • 向当地税务机关提交书面申请，说明公司的情况，包括公司已注销、合同丢失以及无法直接证明未虚开发票的困难等。请求税务机关协助调查相关交易的真实性。
   • 在申请中，详细列出可能存在的间接证据和线索，以便税务机关能够有针对性地进行调查。
2. 配合税务机关调查
   • 积极配合税务机关的调查工作，提供税务机关要求的其他相关材料和信息。例如，按照税务机关的要求提供公司过往的财务资料、业务档案等。
   • 协助税务机关与交易对方取得联系，获取交易对方的相关信息和证明材料。

利用法律程序救济

1. 行政复议
   • 如果税务机关根据现有情况认定公司存在虚开发票的行为，并作出了相应的行政处罚决定，公司可以在法定期限内向上级税务机关或者本级人民政府申请行政复议。
   • 在行政复议申请中，详细阐述公司未虚开发票的理由和依据，提交收集到的间接证据，请求复议机关撤销税务机关的处罚决定。
2. 行政诉讼
   • 如果对行政复议结果不满意，或者税务机关在法定期限内未作出行政复议决定，公司可以在法定期限内向人民法院提起行政诉讼。
   • 在行政诉讼中，公司作为原告，需要承担举证责任，证明税务机关的行政处罚决定缺乏事实和法律依据。因此，要充分准备证据材料，通过法庭审理来维护公司的合法权益。