针对农村违法建设宅基地的问题，镇政府在处罚时主要依据的是《中华人民共和国土地管理法》，而非《城乡规划法》，尽管在实际操作中，两者可能有一定的交叉和联系。以下是对此问题的详细解答：
一、主要法律依据
《中华人民共和国土地管理法》：
- 该法明确规定了农村宅基地的使用、管理以及违法建设的处罚措施。对于未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为，镇政府有权依据此法进行处罚。
《城乡规划法》：
- 虽然《城乡规划法》也涉及建设活动的规划和管理，但它更多地是从城乡整体规划的角度出发，对建设活动进行规范和引导。在农村宅基地违法建设的问题上，它通常不是主要的处罚依据，除非该违法建设同时违反了城乡规划的相关规定。
二、镇政府的主要处罚措施
责令停止建设与退还非法占用土地：
- 一旦发现违法建设行为，镇政府将立即责令建房者停止建设活动，并要求退还非法占用的土地，以恢复土地的合法使用状态。
限期改正与拆除：
- 对于情节较轻的违法建设，如超出宅基地规定面积较小或布局上的轻微不合规，镇政府会要求建房者在规定期限内进行整改。
- 对于严重违反宅基地管理规定的行为，如不符合土地利用总体规划、占用农用地或耕地等，镇政府将责令限期拆除在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施。若未在规定时间内自行拆除，镇政府将依法组织强制拆除，费用由建房者承担。
没收非法建筑物：
- 在某些严重违法或无法拆除的情况下，镇政府可能会决定没收在非法占用土地上新建的房屋，作为对违法行为的直接惩罚。被没收的房屋将归国家所有并用于合法的社会公益用途。
罚款：
- 根据违法情节的严重程度、造成的损害后果以及当地的具体规定，违法建房者还可能面临一定数额的罚款。
收回宅基地使用权：
- 若违法建房行为导致宅基地使用不符合相关规定，损害了公共利益或违反了宅基地分配原则，农村集体经济组织有权依法收回宅基地使用权。
三、建议与警示
- 了解法律法规：在建房前，务必深入了解当地的法律法规和政策要求，确保建房行为完全符合相关规定。
- 增强法律意识：遵守土地管理法规，共同维护农村土地使用的合法性和秩序性。
- 咨询专业意见：如有疑问或不确定之处，建议咨询当地土地管理部门或法律专业人士的意见，以避免不必要的法律风险和经济损失。
综上所述，镇政府在处罚农村违法建设宅基地时，主要依据的是《中华人民共和国土地管理法》。建房者应严格遵守相关法律法规，确保建房行为的合法性，以避免面临严厉的处罚措施。