结论：公司代另一个公司付款，仅在银行回单上备注而未签订协议，这种做法在法律上存在一定风险，可能不足以充分保障双方权益。以下从不同角度进行详细分析：

1. 法律效力的角度：

   • 银行回单上的备注虽然可以作为一种书面证据，表明付款方有代为付款的意愿，但其法律效力相对较弱。在法律上，协议或合同是双方意思表示一致的重要载体，具有更强的法律约束力。
   • 若仅依赖银行回单上的备注，一旦发生纠纷，如付款方否认代为付款的事实，或收款方对付款金额、用途等产生异议，仅凭银行回单可能难以充分证明双方的真实意思表示和交易细节。

2. 风险防控的角度：

   • 签订书面协议可以明确双方的权利义务，包括付款金额、付款方式、付款时间、付款用途等关键条款，有助于降低交易风险。
   • 协议中还可以约定违约责任和争议解决方式，为双方提供法律保障。一旦发生纠纷，可以依据协议内容寻求法律救济。

3. 实际操作的角度：

   • 在商业实践中，代为付款的情况并不罕见。为了保障交易的安全和顺利，双方通常会签订书面协议来明确各自的权利义务。
   • 即使双方关系密切，也建议通过书面协议来规范交易行为，以避免因口头约定或简单备注而引发的潜在纠纷。

4. 建议措施：

   • 补签协议：如果双方已经发生了代为付款的行为，但尚未签订协议，建议尽快补签书面协议，明确双方的权利义务和交易细节。
   • 完善证据：在补签协议的同时，可以收集并保存与交易相关的其他证据，如聊天记录、邮件往来、发票等，以进一步证明交易的真实性和合法性。
   • 咨询专业律师：如果双方对协议内容或交易细节存在争议，或担心潜在的法律风险，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

总结与进一步思考：公司代另一个公司付款时，仅在银行回单上备注而未签订协议的做法存在法律风险。为了保障双方权益和降低交易风险，建议签订书面协议并完善相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。