划拨土地上建设超层建筑属于违法建设行为，处罚措施需结合违法性质、情节严重程度及是否符合规划要求综合判定，具体处罚方式如下：

1. 行政处罚：责令限期改正、罚款或没收违法所得
   根据《城乡规划法》第六十四条，若超层建设未取得建设工程规划许可证或违反规划条件，城乡规划主管部门可责令停止建设、限期改正（如补办手续、拆除超层部分）；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除；不能拆除的，没收实物或违法收入，并处建设工程造价5%-10%的罚款。
   关键点：若超层部分符合总体规划（如不影响消防、采光等），可能仅需补办手续并罚款；若严重违反规划（如突破容积率、高度限制），则可能面临拆除或没收。

2. 土地管理处罚：收回土地使用权或要求补缴出让金
   根据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十七条，划拨土地使用权未经批准擅自改变用途或超范围使用的，县级以上政府可无偿收回土地使用权。若超层建设涉及改变土地用途（如将工业用地用于商业开发），需补缴土地出让金并办理出让手续，否则可能被强制收回。
   关键点：划拨土地通常用于公益或特定用途（如教育、医疗），超层建设若伴随用途变更，处罚力度会显著加重。

3. 刑事责任风险：构成犯罪的依法追究
   若超层建设导致重大安全事故（如建筑坍塌）或涉及贪污贿赂（如通过行贿获取规划许可），可能触犯《刑法》第一百三十七条（工程重大安全事故罪）或第三百八十五条（受贿罪），责任人需承担刑事责任。
   关键点：刑事责任需以“造成严重后果”或“主观故意”为前提，普通超层建设通常仅涉及行政处罚。

实务建议：

• 立即停止建设，委托专业机构评估超层部分是否符合规划及安全标准；
  
• 若符合规划，尽快补办建设工程规划许可证及土地用途变更手续；
  
• 若不符合规划，主动与规划部门协商拆除或整改方案，避免强制执行导致更大损失；
  
• 涉及土地用途变更的，需重新签订土地出让合同并补缴出让金，否则可能面临土地收回风险。
  

如有进一步细节（如超层面积、土地用途、是否已取得部分许可等），可提供具体信息以便针对性分析。