核心结论：房贷逾期后银行从开发商保证金中扣款，您需将该笔款项偿还给开发商，具体可通过协商还款、按合同约定还款或通过法律途径解决争议等方式进行。以下是详细说明：

1. 明确扣款性质与还款对象

   • 当您房贷逾期，银行从开发商保证金账户扣款，本质上是开发商为您承担了阶段性担保责任。此时，您与开发商之间形成了新的债权债务关系，即您欠开发商一笔等额于被扣保证金的款项，而非直接欠银行。因此，还款对象是开发商，而非银行。

2. 还款方式与流程

   • 协商还款：建议您第一时间联系开发商，明确被扣保证金的具体金额、扣款时间等信息，并协商还款方式。开发商通常会要求您一次性偿还全部款项，但若您资金紧张，可尝试协商分期还款，并签订书面还款协议，明确还款期限、利息（如有）等条款，以避免后续纠纷。
   • 按合同约定还款：若您与开发商在购房合同或补充协议中已约定了保证金扣款后的还款方式（如从后续应退房款中抵扣、按特定账户还款等），则应严格按合同约定履行。例如，若合同约定“开发商代偿后，购房者应在30日内将代偿款支付至开发商指定账户”，则您需在期限内完成还款。
   • 通过法律途径解决争议：若开发商拒绝协商或您对扣款金额有异议（如认为银行扣款错误、开发商未履行告知义务等），可收集相关证据（如贷款合同、扣款通知、沟通记录等），向法院提起民事诉讼，要求确认还款金额或主张其他权利。

3. 注意事项

   • 保留证据：无论采取何种还款方式，务必保留好还款凭证（如转账记录、收据、还款协议等），以证明您已履行还款义务。
   • 避免再次逾期：在偿还开发商款项的同时，需确保后续房贷按时还款，否则银行可能再次采取扣款、催收等措施，甚至影响您的个人征信。
   • 关注合同条款：部分购房合同可能约定“开发商代偿后，购房者需支付违约金或利息”，若合同中有此类条款，您需按约定支付，但若违约金过高（如超过实际损失的30%），可请求法院或仲裁机构予以调整。

总结：房贷逾期后银行从开发商保证金扣款，您需将该笔款项偿还给开发商，建议优先通过协商确定还款方式，并严格按合同约定或协议履行还款义务。若遇争议，可依法维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。