结论前置：合同上“旷工一天扣三天工资”的条款，在大多数情况下是不合法的。以下从法律角度、合理性分析以及应对建议三个方面进行详细说明：
法律角度分析
法律依据明确：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位无权随意扣除劳动者的工资，除非有明确的法律规定或合同约定，并且扣除的金额和方式必须合法合理。
- 《工资支付暂行规定》第十六条也规定，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这一规定进一步限制了用人单位扣除劳动者工资的情形和比例。
扣款限制与规章制度合法性：
- “旷工一天扣三天工资”的做法显然超出了法律允许的范围，属于克扣工资的行为。即使这一条款在劳动合同中明确约定，也因其违反了国家强制性法律法规而无效。
- 用人单位的规章制度必须合法且经过民主程序制定，并向劳动者公示。未经法定程序制定或未向劳动者公示的规章制度，对劳动者不具有约束力。因此，如果合同中的这一条款未经劳动者同意或未向劳动者公示，那么该条款同样无效。
合理性分析
惩罚与过错不匹配：
- 旷工一天仅表示劳动者未提供这一天的劳动，用人单位有权不支付这一天的工资作为惩罚。但扣除三天工资则让劳动者承担了超出其过错程度的责任，这显然不公平，也违背了权利义务对等的基本法理原则。
影响员工积极性与企业形象：
- 过度的惩罚可能会打击员工的工作积极性，导致员工产生不满情绪，甚至引发劳动纠纷。这不仅不利于企业的长期发展，还可能损害企业的形象和声誉。
应对建议
了解法律法规与合同条款：
- 劳动者应了解自己的合法权益和法律法规的相关规定，以便在权益受到侵害时能够及时维护自己的利益。同时，也要仔细阅读劳动合同中的条款，特别是关于工资支付和扣除的部分。
与企业沟通协商：
- 如果认为企业的扣款规定不合理或违法，可以与企业进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。在协商过程中，可以引用相关的法律法规来支持自己的观点。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果企业坚持执行不合理的扣款规定，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求企业返还被克扣的工资并承担相应的法律责任。在必要时，还可以依法提起诉讼来维护自己的合法权益。
举例说明：假设某员工的月工资为5000元，如果因旷工一天被扣除三天工资，即扣除1500元，这显然超出了法律允许的每月扣除工资不得超过当月工资20%（即1000元）的限制。因此，这种扣款方式是不合法的。
综上所述，“旷工一天扣三天工资”的做法在大多数情况下是不合法的。劳动者应了解自己的权益和法律法规的相关规定，并在必要时采取法律手段来维护自己的利益。如果你有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。