结论：针对您提出的“双方协议约定有第三方代付工程欠款，但第三方并没有代付，也没有欠条怎么起诉”的问题，您可以从以下几个角度来考虑和操作：一是明确合同关系及违约责任；二是收集并整理证据；三是确定被告及起诉理由；四是准备起诉材料并提起诉讼。

1. 明确合同关系及违约责任：

   • 首先，需要确认您与债务人（即应支付工程欠款的一方）之间的合同关系，以及合同中关于第三方代付的具体条款。这是起诉的基础，因为您需要证明债务人确实存在违约行为，即未按照合同约定通过第三方支付工程欠款。
   • 如果合同中明确约定了第三方代付的义务，以及债务人未履行该义务时应承担的责任，那么这将为您的起诉提供有力的法律依据。

2. 收集并整理证据：

   • 尽管没有欠条，但您仍然需要收集其他能够证明债务关系的证据。这可能包括合同文本、双方之间的沟通记录（如邮件、短信、微信等）、工程进度报告、验收单等。
   • 特别是要关注那些能够证明债务人承认欠款事实，或者表示将通过第三方支付但实际未支付的证据。这些证据将对于证明您的主张至关重要。

3. 确定被告及起诉理由：

   • 在起诉时，您可以将债务人作为被告。起诉理由可以包括债务人未按照合同约定支付工程欠款，构成违约行为，并因此给您造成了经济损失。
   • 如果合同中有关于第三方代付的明确约定，且债务人未履行该约定，您也可以将这一点作为起诉理由之一，要求债务人承担违约责任。

4. 准备起诉材料并提起诉讼：

   • 在准备好上述证据和起诉理由后，您需要撰写起诉状，明确列出您的诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
   • 随后，您可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，并按照法院的要求缴纳诉讼费用。在诉讼过程中，您需要积极配合法院的审理工作，提供必要的证据和陈述。

额外建议：

• 在起诉前，您可以尝试与债务人进行协商，看是否能够达成和解协议，以避免不必要的法律纠纷。
• 如果债务人确实存在经济困难或无力支付的情况，您也可以考虑通过其他方式解决纠纷，如申请仲裁、调解等。
• 在整个过程中，建议您保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有需要，您可以随时向我咨询相关法律问题，我会为您提供专业的法律建议和帮助。