结论：同居有孩子但不在一起了，不能直接起诉离婚，因为双方并未建立法律上的婚姻关系。但可以就孩子的抚养权、抚养费以及同居期间的财产分割等问题向法院提起诉讼。

详细分析：

1. 婚姻关系的认定：

   • 根据我国法律，婚姻关系的建立需要依法进行结婚登记。未进行结婚登记的同居关系，并不构成法律上的婚姻关系。
   • 因此，如果双方只是同居并未办理结婚登记，那么他们之间就不存在法律上的婚姻关系，也就无法直接起诉离婚。

2. 孩子抚养权与抚养费问题：

   • 尽管双方未建立婚姻关系，但孩子作为双方的非婚生子女，其合法权益同样受到法律保护。
   • 双方可以就孩子的抚养权、抚养费等问题进行协商，如果协商不成，可以向法院提起诉讼，由法院根据孩子的实际情况和双方的抚养能力进行判决。

3. 同居期间财产分割问题：

   • 同居期间，双方可能共同购置了财产或产生了共同债务。在解除同居关系时，这些财产和债务的处理也是一个重要问题。
   • 双方可以就同居期间的财产分割和债务承担进行协商，如果协商不成，同样可以向法院提起诉讼。法院会根据财产的性质、来源以及双方的贡献等因素进行公平合理的分割。

法律建议：

• 如果双方就孩子的抚养权、抚养费或同居期间的财产分割等问题存在争议，建议首先尝试通过协商解决。协商不仅可以节省时间和精力，还能避免不必要的法律纠纷。
• 如果协商不成，可以向法院提起诉讼。在提起诉讼前，建议收集相关证据，如孩子的出生证明、同居期间的财产购置凭证等，以便在诉讼中证明自己的主张。
• 在处理这类问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。

法律依据：

• 《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条规定：“非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或者个人不得加以危害和歧视。不直接抚养非婚生子女的生父或者生母，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。”
• 虽然民法典中并未直接规定同居期间财产分割的问题，但根据公平原则和诚实信用原则，法院在处理此类纠纷时，会综合考虑双方的贡献、财产的性质和来源等因素进行公平合理的分割。

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