在版权行政案件中，当事人退货的书籍是否计算违法经营额，需根据退货时间、退货原因及行政机关调查取证的具体情况综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 退货时间对违法经营额认定的影响

• 销售行为完成前退货：若书籍在销售行为完成前（如未交付或未完成付款）被退货，且退货行为与侵权行为无直接关联（如因质量问题退货），则退货部分通常不计入违法经营额。
  
• 销售行为完成后退货：若书籍已实际销售并交付，即使后续因侵权问题被退货，退货金额仍可能被计入违法经营额。因为违法经营额的认定通常以实际销售行为为基准，而非以是否退货为转移。

2. 退货原因与违法经营额的关系

• 因侵权问题退货：若退货直接源于书籍侵犯著作权（如被权利人投诉或行政机关查处），退货金额可能被计入违法经营额。因为此类退货反映了侵权行为的实际影响，行政机关可能将其作为衡量违法情节严重程度的依据。
  
• 非侵权原因退货：若退货与侵权无关（如消费者个人偏好、物流损坏等），退货金额通常不计入违法经营额。但需注意，若当事人能证明退货与侵权无关，需提供充分证据（如退货记录、消费者反馈等）。

3. 行政机关调查取证的关键点

• 销售记录的完整性：行政机关会重点审查当事人的销售记录（如发票、出库单、收款凭证等），以确定实际销售金额。若退货部分未在销售记录中体现，或当事人无法提供退货证明，退货金额可能仍被计入违法经营额。
  
• 退货与侵权的关联性：若当事人主张退货与侵权无关，需承担举证责任。例如，提供消费者退货理由的书面证明、与消费者的沟通记录等。若无法举证，行政机关可能倾向于将退货金额计入违法经营额。

4. 违法经营额的计算公式（参考）

若需计算违法经营额，通常采用以下公式：
违法经营额 = 实际销售金额 - 可证明的非侵权退货金额
其中，“可证明的非侵权退货金额”需当事人提供充分证据支持。若证据不足，退货金额可能无法被扣除。

5. 法律建议

• 保留完整证据：当事人应妥善保存销售记录、退货记录、消费者反馈等证据，以证明退货与侵权的关联性（或无关性）。
  
• 主动配合调查：在行政机关调查过程中，当事人应如实说明退货情况，避免因隐瞒或虚假陈述导致违法经营额被高估。
  
• 咨询专业律师：若对违法经营额的认定有异议，可及时向律师咨询，通过行政复议或行政诉讼途径维护权益。

总结：退货书籍是否计入违法经营额，需结合退货时间、原因及证据情况综合判断。当事人应重视证据保留，并在行政程序中积极主张权利，以避免不必要的法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。