针对您提出的“两地高院认定的合同性质不同怎么处理”的问题，这确实是一个涉及合同纠纷管辖及合同性质认定的复杂法律问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、合同性质认定差异的影响
当两地高级人民法院对同一合同的性质存在不同认定时，这首先会影响到案件的管辖权确定。因为不同的合同性质可能对应着不同的管辖规则，比如某些特定类型的合同可能由专门法院管辖，或者根据合同履行地、签订地等因素确定管辖法院。
二、处理原则
尊重法律与事实：
- 在处理此类纠纷时，应首先尊重法律的规定和事实的情况。法院在认定合同性质时，会依据合同的具体条款、交易习惯、行业惯例以及相关法律法规进行综合判断。
管辖协议的有效性：
- 如果合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反法律规定（如不违反级别管辖和专属管辖的规定），则该管辖协议通常是有效的。即使两地高院对合同性质有不同认定，也应首先遵循合同中的管辖协议。
- 如果管辖协议存在模糊或不明确的情况，如仅约定了管辖地域但未约定具体法院，则应根据案件性质、标的额等因素，结合相关法律规定，依法确定具体管辖法院。
上级法院的指导与协调：
- 在实践中，如果两地高院对同一合同的性质存在严重分歧，且这种分歧影响到案件的管辖和审理，上级法院（如最高人民法院）可能会通过发布司法解释、指导性案例或进行协调等方式，提供明确的指导，以统一法律适用标准。
三、具体处理步骤
审查合同条款：
- 仔细审查合同中的管辖协议条款，确定其是否明确、具体，并符合法律规定。
分析合同性质：
- 根据合同的具体条款、交易目的、行业惯例等因素，分析合同的性质，并确定其可能对应的管辖规则。
咨询专业律师：
- 如果对合同性质或管辖规则存在疑问，建议咨询专业律师，以获取更准确的法律意见。
遵循法院指导：
- 如果案件已经进入诉讼程序，且两地高院对合同性质存在分歧，应遵循受理案件的法院的指导，并积极配合法院的审理工作。
考虑上诉或再审：
- 如果对一审法院的判决或裁定不服，且认为合同性质的认定存在错误，可以考虑在法定期限内提起上诉或申请再审。
四、案例参考
以“中国昊华化工(集团)总公司与中企国际投资有限公司借款合同纠纷案”为例，该案中涉及债权转让后管辖协议的效力问题。法院在审理时，综合考虑了债权转让的性质、原合同中的管辖协议条款以及相关法律法规的规定，最终确定了管辖法院。这表明，在处理类似纠纷时，法院会综合考虑多种因素，以依法、公正地确定管辖权。
五、建议
- 在合同中明确约定管辖法院：为避免未来可能出现的管辖纠纷，建议在合同中明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律规定。
- 及时咨询专业律师：在签订合同或面临纠纷时，及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
综上所述，处理两地高院对合同性质认定不同的问题，需要综合考虑法律、事实、合同条款以及上级法院的指导等多种因素。希望以上解答能对您有所帮助。如有任何进一步的问题或疑虑，请随时咨询。