当合同约定了两个法院但不明确时，处理方式主要依据相关法律规定。以下是详细的解答：

首先，明确结论：

• 合同约定管辖法院不明确时，需依照法定管辖原则确定管辖法院。

接下来，具体分析：

1. 法定管辖原则：

   • 根据《民事诉讼法》的规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
   • 如果合同没有实际履行，且当事人双方住所地都不在合同约定的履行地，则由被告住所地人民法院管辖。

2. 合同约定多个管辖法院的情况：

   • 如果合同中同时约定了两个或以上的法院有管辖权，且这些法院都与争议有实际关联，则原告可以选择其中一个法院提起诉讼。
   • 但如果约定的管辖法院不符合法律中关于级别管辖和专属管辖的规定，则该约定无效，需适用法定管辖。

3. 合同履行地的确定：

   • 合同履行地根据合同的类型有不同确定规则。例如，给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。
   • 如果合同对履行地点没有约定或者约定不明确，也有相应的规则来确定合同履行地。

4. 特殊地域管辖：

   • 对于某些特殊类型的合同，如财产租赁合同、融资租赁合同等，也有其特殊的履行地认定方式和管辖原则。

综上所述：

• 当合同约定管辖法院不明确时，首先应依据法定管辖原则，即由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
• 如果合同中有多个管辖法院的约定，且符合法律规定，则原告可以选择其中一个法院提起诉讼。
• 合同履行地的确定需根据合同的类型和具体情况来判断。
• 对于特殊类型的合同，需遵循其特殊的管辖原则。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您在合同纠纷或其他法律问题上还有疑问，欢迎随时向我咨询。