结论：劳动合同中约定劳动争议在公司注册地提起仲裁，并不影响员工在常住地向公积金管理部门投诉公积金相关问题。

分析说明：

1. 劳动争议仲裁与公积金投诉的性质不同：

   • 劳动争议仲裁：这是解决劳动争议的一种法律程序，通常涉及劳动合同的履行、解除、工资支付、工伤赔偿等劳动权益问题。仲裁地点一般由劳动合同约定或法律规定确定。
   • 公积金投诉：这是员工向公积金管理部门反映单位未依法缴纳公积金的行为，属于行政投诉范畴。公积金管理部门有权对单位的公积金缴纳情况进行监督和检查，并依法处理投诉。

2. 劳动合同中的仲裁条款对公积金投诉无约束力：

   • 劳动合同中的仲裁条款通常只适用于劳动争议仲裁，它规定了劳动争议发生时双方应提交仲裁的地点和程序。
   • 公积金投诉并不属于劳动争议仲裁的范畴，因此不受劳动合同中仲裁条款的约束。员工有权选择向其常住地的公积金管理部门投诉，而不受劳动合同中仲裁地点的限制。

3. 公积金投诉的法律依据：

   • 根据《住房公积金管理条例》等相关法律法规，单位应当依法为员工缴纳公积金。如果单位未依法缴纳，员工有权向公积金管理部门投诉。
   • 公积金管理部门在接到投诉后，会依法进行调查和处理，确保员工的公积金权益得到保障。

法律建议：

• 如果您发现单位未依法为您缴纳公积金，您可以向您常住地的公积金管理部门投诉。投诉时，请提供相关证据材料，如劳动合同、工资单等，以便公积金管理部门进行调查和处理。
• 同时，您也可以咨询专业律师（比如我，喻燕立律师，专注于建设工程、劳动纠纷领域），了解您的具体权益和投诉流程，以便更好地维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公积金管理部门调查后确认单位存在未依法缴纳公积金的行为，会依法对单位进行处罚，并要求单位补缴公积金。
• 如果单位拒不执行公积金管理部门的决定，公积金管理部门可以申请人民法院强制执行。