结论：公司把工资分成基本工资和绩效工资两部分发放，只要符合劳动合同约定、确保工资总额不低于最低工资标准、按时足额支付，并且不存在逃避纳税或克扣拖欠工资等违法行为，即是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
合理的薪酬结构设计：
- 公司将工资分为基本工资和绩效工资，是一种常见的薪酬结构设计方式。基本工资根据员工岗位和职级确定，绩效工资则依据工作业绩考核后发放，如销售提成等。这种结构能够激励员工积极工作，提高工作效率，是合法且合理的。
- 除了绩效工资，公司还可以根据员工表现和公司业绩发放奖金，作为工资的补充。这也是一种常见的合法薪酬分配方式。
- 如果公司还提供了特殊福利或补贴，如住房补贴、交通补贴等，只要这些福利或补贴在公司薪酬制度中明确规定，并依法缴税，同样属于合法范畴。
遵守劳动合同与最低工资标准：
- 公司应全面履行劳动合同中关于工资支付的约定，确保劳动者在提供正常劳动的前提下，获得的工资总额不低于当地最低工资标准。
- 工资支付需按时足额，不得克扣或无故拖欠。这是公司应尽的基本义务，也是保障员工合法权益的重要方面。
合理避税：
- 如果公司分两部分发工资是为了合理避税，且操作符合税法规定，如通过费用报销形式（内容真实、合理，且在税法允许范围内扣除），则这种做法是合法的。但需要注意的是，避税必须在法律允许的范围内进行，不得违反税法规定。
违法的情况
逃避纳税义务：
- 如果公司分两部分发工资的主要目的是为了逃避个税或其他税费，如以现金、实物等形式发放部分工资，不纳入工资核算和纳税申报，则构成违法。这种行为不仅损害了国家的税收利益，也影响了员工的合法权益。
低于最低工资标准：
- 如果公司虽然名义上工资总额达到或超过了最低工资标准，但实际基本工资部分低于法定标准，其余部分随意发放甚至不发，则这种做法是违法的。最低工资标准是保障员工基本生活的重要措施，公司必须严格遵守。
掩盖加班工资等问题：
- 如果公司压低正常工资，以另一部分工资名义掩盖加班工资，或混淆工资构成，使员工难以计算加班工资，则违反了劳动法规定。加班工资是员工在超出正常工作时间外工作应得的报酬，公司必须按照法律规定支付。
综合判断与建议
判断公司工资分发方式是否违法，需要综合考虑劳动合同约定、工资支付总额与时间、税收合规性等多个因素。如果你对公司工资支付方式有疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见和帮助。
温馨提示：作为员工，你有权了解自己的工资构成和支付方式，并确保公司按照法律规定支付工资。如果发现公司存在违法行为，你可以向当地劳动保障部门投诉或寻求法律援助。