鉴定机构（或鉴定人）在出庭时，确实需要回复另一方的质询。这是我国法律对司法鉴定程序的重要规定，旨在保障司法公正和当事人的合法权益。以下是对这一问题的详细解释：
一、法律依据
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第八十二条：虽然该条款主要规定的是当事人可以申请有专门知识的人出庭就鉴定意见或专业问题提出意见，但它间接强调了鉴定意见在法庭上的可质询性，即鉴定意见应当接受法庭和当事人的审查。
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百九十二条：该条款明确规定，公诉人、当事人或者辩护人、诉讼代理人对鉴定意见有异议，且人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。这意味着，在刑事诉讼中，如果一方对鉴定意见有异议，并申请鉴定人出庭，鉴定人是有义务出庭并接受质询的。
- 其他相关法律规定：如《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》等，也对鉴定人出庭接受质询的具体情形和要求进行了细化，进一步强调了鉴定人出庭接受质询的必要性。
二、出庭条件与要求
出庭条件：
- 公诉人、当事人或者辩护人、诉讼代理人对鉴定意见有异议。
- 人民法院认为鉴定人有必要出庭。
出庭要求：
- 鉴定人应当按时出庭，如实回答控辩双方及审判人员的提问。
- 鉴定人无正当理由拒不出庭的，将承担法律责任，包括被处以罚款等处罚措施，且其出具的鉴定意见不得作为定案的依据。
三、出庭的意义与作用
- 保障当事人质证权：通过当庭询问鉴定人，当事人可以更加深入地了解鉴定意见的形成过程和依据，从而更有效地行使质证权。
- 促进庭审实质化：鉴定人出庭接受质询有助于推动庭审从形式审查向实质审查转变，提高庭审的质量和效率。
- 增强裁判公信力：鉴定人出庭作证并接受质询，可以使法官更全面地了解案件事实，作出更加公正、合理的判决，从而增强裁判的公信力和权威性。
四、实际操作中的注意事项
- 申请流程：如果一方希望鉴定人出庭接受质询，应当按照法律规定的程序向人民法院提出申请，并说明申请的理由和目的。
- 质询内容：在质询过程中，当事人可以就鉴定意见的形成过程、依据、方法等方面提出疑问，鉴定人应当如实回答。
- 法庭纪律：在质询过程中，当事人和鉴定人都应当遵守法庭纪律，不得进行人身攻击或扰乱法庭秩序的行为。
总结与建议：鉴定机构（或鉴定人）在出庭时，确实需要回复另一方的质询。这是法律规定的义务，也是保障司法公正和当事人合法权益的重要措施。如果你在司法实践中遇到相关问题，或者对鉴定人出庭接受质询的具体程序有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。