结论：劳动合同中约定支付的工资包括经济补偿，这种约定是否合法需分情况讨论，一般情况下，将经济补偿直接纳入工资总额的约定可能因违反法律强制性规定而无效，但在特定情形下，如双方明确约定且不违反法律强制性规定时，可能被认定为有效。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律对工资和经济补偿的明确规定
工资的定义与构成：
- 根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资六个部分组成。经济补偿并不属于这六个部分中的任何一种，因此，从工资的构成来看，经济补偿不应被直接纳入工资总额。
经济补偿的性质与支付条件：
- 经济补偿是用人单位在解除或终止劳动合同时，依法向劳动者支付的一次性补偿。其支付条件、计算方式等均由法律明确规定，如《劳动合同法》第四十六条、第四十七条等。经济补偿的支付具有法定性，不是用人单位可以随意约定或排除的。
二、约定工资包括经济补偿的合法性分析
违反法律强制性规定的约定无效：
- 如果劳动合同中约定支付的工资包括经济补偿，且这种约定实际上降低了劳动者在解除或终止劳动合同时应获得的经济补偿标准，或者违反了法律关于经济补偿支付条件、计算方式等强制性规定，那么这种约定是无效的。因为根据《劳动合同法》第二十六条，违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同条款是无效的。
特定情形下的有效性探讨：
- 在某些特定情形下，如双方明确约定且不违反法律强制性规定时，将经济补偿以某种形式（如提前支付、分期支付等）纳入工资总额的约定可能被认定为有效。但这种情况较为罕见，且需要严格满足法律规定的条件。例如，双方可能约定在劳动合同期限内，用人单位每月向劳动者支付一定金额作为“经济补偿预付款”，在劳动合同解除或终止时，根据实际工作年限和法律规定进行结算，多退少补。但这种约定必须明确、具体，且不得违反法律关于经济补偿支付条件、计算方式等强制性规定。
三、实际操作中的建议与风险提示
建议：
- 对于用人单位而言，应严格按照法律规定的条件和标准向劳动者支付经济补偿，避免在劳动合同中约定将经济补偿纳入工资总额，以免引发法律纠纷。
- 对于劳动者而言，应仔细阅读劳动合同条款，了解自己的权益和义务。如果发现劳动合同中有将经济补偿纳入工资总额的约定，且该约定可能损害自己的合法权益时，应及时向用人单位提出异议或寻求法律帮助。
风险提示：
- 如果劳动合同中约定支付的工资包括经济补偿，且该约定被认定为无效时，用人单位可能面临按照法律规定向劳动者支付经济补偿的法律责任。
- 劳动者在签订劳动合同时，应特别注意关于工资和经济补偿的条款，确保自己的合法权益不受损害。如果发现用人单位存在违法约定或行为时，应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。
总结：劳动合同中约定支付的工资包括经济补偿是否合法需分情况讨论。一般情况下，这种约定可能因违反法律强制性规定而无效。因此，建议用人单位和劳动者在签订劳动合同时，应严格按照法律规定的条件和标准进行约定，以避免引发法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。