运输企业在高速收费站口设立检查站是否合法，需视具体情况及设立主体而定，目前并没有一部专门的法律直接规定运输企业可以在高速收费站口设立检查站。以下从不同角度进行分析：

1. 若检查站由交通运输管理部门设立：

   • 交通运输管理部门有权在高速公路收费站口等关键节点设立检查站，以执行交通管理、超限超载检查、安全检查等职责。这种设立是基于《中华人民共和国道路交通安全法》、《中华人民共和国公路法》等相关法律法规的授权，是合法的。
   • 例如，《中华人民共和国公路法》第七十一条规定：“公路监督检查人员依法在公路、建筑控制区、车辆停放场所、车辆所属单位等进行监督检查时，任何单位和个人不得阻挠。公路经营者、使用者和其他有关单位、个人，应当接受公路监督检查人员依法实施的监督检查，并为其提供方便。”这为交通运输管理部门在高速公路收费站口设立检查站提供了法律依据。

2. 若检查站由运输企业自行设立：

   • 运输企业通常不具备在高速公路收费站口设立检查站的法律权限。高速公路属于公共交通设施，其管理和使用需遵循相关法律法规的规定。运输企业作为市场主体，其主要职责是提供运输服务，而非行使交通管理或安全检查等公共职能。
   • 如果运输企业未经授权在高速公路收费站口设立检查站，可能会干扰正常的交通秩序，侵犯其他道路使用者的合法权益，甚至可能构成违法行为。例如，如果检查站设置不当导致交通拥堵或事故，运输企业可能需要承担相应的法律责任。

建议与后果：

• 对于运输企业而言，如果需要在高速公路收费站口进行某种形式的检查或管理活动，应首先咨询当地交通运输管理部门或相关法律机构，了解是否具备合法依据及如何合规操作。
• 如果运输企业未经授权擅自设立检查站，可能会面临交通管理部门的处罚，包括但不限于罚款、责令拆除检查站等。同时，如果因检查站设置不当导致交通事故或他人损害，运输企业还可能需要承担民事赔偿责任。

总结：运输企业通常不具备在高速收费站口设立检查站的法律权限，除非该检查站是由交通运输管理部门依法设立并授权运输企业参与管理。如有相关需求或疑问，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。