结论：高速路检查站交警查车是否合法，需根据具体情况判断。在一般情况下，除执行紧急公务外，交警不得在高速公路上拦截检查行驶的车辆；但在特定紧急情况下，如依法执行紧急堵截、设卡检查和事故处理等任务，并采取了必要的安全措施时，交警的查车行为是合法的。以下是对这一结论的详细分析：

一、一般情况下的合法性

在一般情况下，交警不得在高速公路上拦截检查行驶的车辆。这一规定主要基于公共安全考虑，因为高速公路上的车辆行驶速度较快，随意查车可能会引发交通意外，危及公共安全。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第六十九条的规定，任何单位、个人不得在高速公路上拦截检查行驶的车辆，公安机关的人民警察依法执行紧急公务除外。

二、紧急情况下的合法性

在特定紧急情况下，交警在高速公路上查车是被允许的。这些紧急情况包括但不限于：

1. 执行紧急堵截：为了追捕逃犯或制止其他紧急犯罪行为，交警可以在高速公路上进行堵截检查。
2. 设卡检查：为了检查涉嫌酒驾、严重超载等严重交通违法车辆，交警可以在高速公路的特定位置设立检查站进行检查。此时，交警应选择收费站、匝道口、服务区等安全且不妨碍正常交通通行的地点进行，避免在高速公路主线上采取突然拦截、设置路障等影响交通安全的方式强行拦车检查。
3. 事故处理：在处理高速公路上发生的交通事故时，交警需要进行相关检查以了解事故情况并作出相应处理。

在这些紧急情况下，交警应依照《交通警察道路执勤执法工作规范》第七十一条的规定，在收费站、匝道口等处设立检查站，并提前设置醒目的临检标志，告知前方司机减速，以避免意外发生。同时，交警的查车行为必须符合法律规定的紧急公务执行条件，并采取必要的安全措施，以确保执法的合法性和合理性，以及公民的合法权益。

三、相关法律依据

1. 《中华人民共和国道路交通安全法》第五条：国务院公安部门负责全国道路交通安全管理工作。县级以上地方各级人民政府公安机关交通管理部门负责本行政区域内的道路交通安全管理工作。交警作为公安机关交通管理部门的执法人员，有权在其职责范围内对道路上的交通违法行为等进行查处，但应遵守相关法律法规的规定。
2. 《中华人民共和国道路交通安全法》第六十九条：任何单位、个人不得在高速公路上拦截检查行驶的车辆，公安机关的人民警察依法执行紧急公务除外。这一条款明确规定了交警在高速公路上查车的限制条件。
3. 《交通警察道路执勤执法工作规范》第七十一条：除执行紧急堵截、设卡检查和事故处理任务外，禁止在高速公路上拦截车辆检查。这一条款进一步细化了交警在高速公路上查车的具体条件和程序。

四、司机责任与配合义务

司机在高速公路上行驶时，应严格遵守交通规则，确保行车安全。当遇到交警检查时，应积极配合，提供必要的证件和信息，共同维护道路交通秩序和安全。如果司机对交警的查车行为有异议，可以在确保安全的前提下，通过合法途径提出申诉或投诉。

总结与建议：高速路检查站交警查车的合法性取决于具体情况及是否遵循了相应的法律规定。作为司机，应了解并遵守相关法律法规，积极配合交警的执法工作；如果遇到不合法的查车行为，可以通过合法途径维护自己的权益。如果您在高速公路上遇到交警查车并对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。