自离扣20%工资是否合法，主要取决于劳动者的自离行为是否给用人单位造成了实际损失，并且用人单位在扣除工资时是否符合法定程序和限额规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法扣工资的情况
造成实际损失：
- 如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
- 这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。
- 扣除限额：根据《工资支付暂行规定》第十六条，经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
劳动合同或规章制度有明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度明确规定，劳动者辞职需提前一定期限（如30天）书面通知用人单位，否则将承担相应责任（如扣发工资作为违约金）。
- 在这种情况下，如果劳动者未履行提前通知义务而擅自离职，用人单位有权根据规定扣除部分工资。但需注意，这种扣除必须基于合法的规章制度和明确的合同约定，且不得违反法律法规的强制性规定。
二、不合法扣工资的情况
无法律依据的扣款：
- 用人单位不能仅凭“自离”这一行为就随意扣除劳动者的全部或部分工资。
- 除非有明确的法律规定或合同约定，否则用人单位无权单方面决定扣除劳动者的工资。
违反法定程序的扣款：
- 即使劳动者存在过错，用人单位在扣除工资时也必须遵循法定程序。
- 例如，应事先告知劳动者扣款的原因、依据和金额，并听取劳动者的意见和申辩。未经法定程序，用人单位不得擅自扣除劳动者的工资。
扣除比例超过法定限额：
- 如果用人单位扣除的工资比例超过了劳动者当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，那么这种扣除行为是不合法的。
三、维权途径
如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：
- 协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求足额支付工资。
- 投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
- 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
总结来说，自离扣20%工资并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。如果劳动者的自离行为给用人单位造成了实际损失，并且用人单位在扣除工资时符合法定程序和限额规定，那么这种扣除行为是合法的。反之，则是不合法的。劳动者在遇到此类问题时，应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护这些权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。