结论前置：单位实行“上12小时休12小时”的工作制度是否合法，需根据具体情况判断。在一般情况下，这种工作制度可能违反《中华人民共和国劳动法》关于工作时间的规定，但在特定情况下，如经过合法审批的特殊工时制度或依法延长工作时间，则可能合法。

法律分析

一、一般情况下的违法性

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。同时，第三十八条规定用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。因此，如果单位安排劳动者每天上班12小时，且没有合理的休息安排、调休、补休措施，也未按照法律规定支付加班工资，这种做法是违法的。

二、特殊情况下的合法性

1. 特殊工时制度审批：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，包括综合计算工时工作制或不定时工作制。
   • 在这两种特殊工时制度下，如果单位能够确保劳动者在一个计算周期内（如一周、一月或一年）的平均工作时间不超过法定上限，并且保证劳动者每周至少休息一日，那么“上12小时休12小时”的工作制度可能是合法的。但前提是必须获得劳动行政部门的批准。

2. 依法延长工作时间：

   • 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过1小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。
   • 如果单位因特殊原因需要延长工作时间，并且与工会和劳动者协商一致，同时依法支付加班工资，那么在某些情况下安排劳动者上班12小时（但需注意总加班时间不得超过法定限制）可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需严格遵守法律程序。

3. 紧急情况下的例外：

   • 根据《劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的，以及生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的等情形下，延长工作时间可以不受第四十一条的限制。
   • 在这些紧急情况下，单位可能因工作需要安排劳动者长时间工作，但这种情况是暂时的，且需确保劳动者的身体健康和安全。

三、劳动者权益保护

• 拒绝违法加班：如果单位违反规定强制劳动者加班，劳动者有权拒绝。
• 投诉与仲裁：若单位安排加班不支付加班费或违反工时规定，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
• 了解自身权益：劳动者应充分了解自己的工作时间权益，包括每日工作时间、每周休息日、加班工资等，并在必要时采取适当措施维护自身权益。

总结与建议

单位实行“上12小时休12小时”的工作制度前，应首先明确本单位的工时制度类型，并依法向劳动行政部门申请审批（如需实行特殊工时制度）。同时，需严格遵循法律法规关于工作时间、休息休假等方面的规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。对于劳动者而言，如遇单位违法安排工作时间，应及时向劳动监察部门投诉举报或申请劳动仲裁来维护自身合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。