结论：别厂生产的产品使用小作坊证进行包装销售是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及生产许可、产品质量、商标及专利侵权等多个法律层面。以下从不同角度详细分析：

1. 生产许可与资质问题

• 小作坊证的性质：小作坊证通常是对小型食品生产加工场所的许可，其生产范围、规模及条件受严格限制。若别厂生产的产品不属于小作坊证允许的生产范围（如非食品类或超出小作坊生产能力的产品），则使用小作坊证进行包装销售属于超范围经营，违反《食品安全法》或相关行业法规，可能面临行政处罚。
• 合法性前提：若产品属于小作坊证允许范围，且小作坊具备完整生产资质（如生产许可证、卫生许可证等），则包装销售行为本身可能合法，但需确保包装、标签等符合法规要求。

2. 产品质量与安全标准

• 产品质量责任：即使小作坊具备合法资质，其生产的产品仍需符合国家或行业标准的质量安全要求。若产品存在质量问题（如添加剂超标、微生物污染等），即使使用小作坊证包装销售，仍可能因违反《产品质量法》或《食品安全法》被追究责任。
• 标签与标识：包装上需明确标注生产日期、保质期、成分表、生产者信息等，若标签虚假或遗漏关键信息，可能构成欺诈或违反《消费者权益保护法》。

3. 商标与专利侵权风险

• 商标侵权：若别厂生产的产品使用了他人注册商标（如品牌名称、LOGO等），且未获得授权，则包装销售行为构成商标侵权，需承担《商标法》下的民事赔偿及行政处罚责任。
• 专利侵权：若产品涉及他人专利技术（如外观设计、实用新型等），未经专利权人许可进行生产、销售，可能违反《专利法》，需承担停止侵权、赔偿损失等责任。

4. 合法性建议

• 核实资质与范围：首先确认小作坊证是否覆盖目标产品的生产范围，并检查所有必要资质是否齐全。
• 确保产品质量：建立严格的质量控制体系，确保产品符合安全标准，并保留检测报告等证据。
• 避免侵权：对产品涉及的商标、专利进行全面检索，确保不侵犯他人知识产权；若需使用他人品牌或技术，务必获得合法授权。
• 合规包装与标签：按照法规要求设计包装，确保标签信息真实、完整，避免误导消费者。

5. 法律后果示例

• 行政处罚：超范围经营或产品质量不合格可能面临罚款、没收违法所得、吊销许可证等处罚。
• 民事赔偿：商标或专利侵权需赔偿权利人经济损失，金额可能包括实际损失、侵权获利或法定赔偿。
• 刑事责任：若行为构成生产、销售伪劣产品罪或侵犯知识产权犯罪，可能面临刑事处罚。

总结：别厂生产的产品使用小作坊证包装销售是否合法，需综合考量生产许可、产品质量、知识产权等多方面因素。建议企业在开展此类业务前，全面评估法律风险，必要时咨询专业律师，确保合规经营。若有具体法律问题，可直接向我咨询。