结论前置：店铺不用法人用店长的经营码是否违法需分情况讨论，若店铺为个体工商户且店长为实际经营者则不违法；若为有限责任公司等法人企业，此行为可能违法并需承担相应法律责任。以下是具体分析：

1. 若店铺为个体工商户
   根据《民法典》第五十四条，个体工商户的债务由个人或家庭财产承担，其经营主体本质为自然人。此时若店长是实际经营者（如营业执照登记的经营者或家庭成员），使用店长经营码属于合法经营行为，不涉及违法问题。但需注意：

   • 需确保经营码与营业执照登记信息一致；
     
   • 若存在转让、承包等情形，需及时办理工商变更登记，否则可能因“擅自变更主要登记事项”被处以1万元以下罚款（《个体工商户条例》第二十三条）。

2. 若店铺为有限责任公司/股份有限公司等法人企业
   根据《公司法》第三条，法人企业具有独立财产权，法定代表人（通常为董事长/执行董事）是代表公司行使职权的负责人。此时若使用店长经营码收款，可能涉及以下违法情形：

   • 税务违法风险：若店长个人账户收款未纳入公司财务体系，可能被认定为“账外经营”，导致公司少缴增值税、企业所得税等，面临补税、滞纳金及0.5-5倍罚款（《税收征收管理法》第六十三条）；
     
   • 职务侵占风险：若店长将经营款项据为己有，数额较大的可能构成职务侵占罪（《刑法》第二百七十一条），最高可处十年以上有期徒刑；
     
   • 合同履行风险：若客户基于对法人企业的信任签订合同，但实际由店长个人收款，可能因主体混同导致合同效力争议，公司需承担表见代理责任。

处理建议：

1. 立即自查：核对营业执照类型及经营码使用主体，若为法人企业且存在店长个人收款情形，需：
   
   • 停止该行为，统一使用公司对公账户收款；
     
   • 梳理历史账目，主动向税务机关申报补缴税款；
     
   • 与店长签订书面协议，明确款项归属及责任划分。
     
2. 完善制度：建立财务审批流程，要求所有经营款项必须通过公司账户流转，并留存完整凭证；
   
3. 法律培训：对店长等管理人员进行《公司法》《税收征收管理法》培训，强化合规意识。
   

特别提醒：若已因该行为收到税务稽查通知或面临刑事指控，建议立即携带相关材料（如营业执照、经营码使用记录、财务凭证等）与我联系，我将根据具体情节制定应对方案。