当被告是店铺法人（即公司本身）且存在违法行为时，处理方式需根据违法行为的性质和后果来具体分析。以下是从不同角度给出的详细解答：
公司违法行为的性质与后果
一般违法行为：如果店铺法人（公司）的违法行为不构成犯罪，但违反了相关法律法规（如环保、税务、市场监管等方面的规定），那么公司可能会面临行政处罚，如罚款、责令停产停业、吊销营业执照等。此时，公司的法定代表人（即通常所说的“法人代表”）作为公司的管理者，可能需要配合相关部门的调查，并确保公司履行处罚决定。
犯罪行为：如果店铺法人（公司）的违法行为构成犯罪（如诈骗、非法经营、侵犯知识产权等），那么公司及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能会面临刑事处罚。在这种情况下，法定代表人如果参与了犯罪行为，也可能被追究刑事责任。
针对公司违法行为的法律应对
接受调查与配合：当公司被指控违法时，法定代表人应积极配合相关部门的调查，提供必要的文件和资料，以证明公司的合规性或解释违法行为的原因。
寻求法律援助：如果公司认为被指控的违法行为不成立或存在争议，可以寻求专业律师的帮助，了解自身的法律权益，并制定相应的应对策略。律师可以协助公司准备辩护材料，参与听证会或庭审，以维护公司的合法权益。
承担法律责任：如果公司确实存在违法行为，且无法通过法律手段避免处罚，那么公司应接受处罚，并采取措施纠正违法行为，防止类似情况再次发生。同时，法定代表人作为公司的管理者，也应承担相应的管理责任。
针对法定代表人个人的法律责任
个人行为与职务行为的区分：如果法定代表人的违法行为是其个人行为，与公司无关，那么公司通常不承担法律责任。但是，如果法定代表人的违法行为是其职务行为的一部分，或者与公司业务有关，那么公司可能需要承担一定的法律责任。
滥用职权与损害赔偿：根据《公司法》的相关规定，如果法定代表人滥用职权损害公司或股东利益，给公司造成损失的，应承担赔偿责任。在这种情况下，公司或股东可以通过法律途径追究法定代表人的责任。
具体案例与法律建议
案例一：假设某店铺因销售假冒伪劣产品被市场监管部门查处，并面临罚款和吊销营业执照的处罚。此时，店铺的法定代表人应积极配合调查，提供进货渠道、销售记录等证据，以证明公司并非故意销售假冒伪劣产品。如果确实存在违法行为，公司应接受处罚，并加强内部管理，防止类似情况再次发生。
案例二：假设某店铺的法定代表人利用职务之便，将公司资金挪作他用，导致公司资金链断裂，无法正常运营。在这种情况下，公司或股东可以通过法律途径追究法定代表人的责任，要求其返还挪用的资金，并赔偿公司因此遭受的损失。
总结与建议：
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