在建设工程合同纠纷审理中，若法院发现存在违法分包情形，通常会根据违法分包的严重程度、对合同效力的影响以及各方过错，依法认定合同无效并追究相关主体的法律责任，同时可能对工程款结算、质量责任承担等作出调整。具体处理方式如下：

1. 认定违法分包行为无效
   根据《民法典》第791条及《建筑法》第29条，违法分包（如将工程分包给无资质单位、分包后再次分包、主体结构分包等）会导致分包合同无效。法院会直接确认分包合同自始不具有法律效力，分包方与实际施工人之间形成的法律关系不受合同保护。

2. 明确工程款结算规则

   • 若工程已竣工验收合格，实际施工人仍有权参照合同约定主张工程款（《建设工程司法解释一》第24条），但法院可能根据过错程度调整价款（如扣除因违法分包导致的质量缺陷修复费用）。
     
   • 若工程未竣工或验收不合格，实际施工人需承担修复责任，修复后仍不合格的，可能丧失工程款请求权。

3. 追究违法分包方的连带责任

   • 总承包单位对违法分包行为需承担管理责任，法院可能判决其对实际施工人的工程款、欠付农民工工资等承担连带清偿责任（《建设工程司法解释一》第43条）。
     
   • 若违法分包导致工程质量问题，总承包单位与分包单位需共同向发包人承担赔偿责任（《建筑法》第67条）。

4. 行政处罚与信用惩戒
   法院在审理中若发现违法分包情节严重（如涉及挂靠、转包等），可能向建设行政主管部门发送司法建议，建议对涉事企业处以罚款、停业整顿、降低资质等级等行政处罚，并纳入信用记录。

5. 实际施工人权利保护
   实际施工人虽因合同无效不直接享有合同权利，但可通过以下途径维权：

   • 直接起诉发包人，要求在欠付工程款范围内承担责任（《建设工程司法解释一》第43条）；
     
   • 主张因违法分包导致的损失赔偿（如停工损失、材料差价等），但需举证证明损失与违法分包的因果关系。

建议：若您是发包方，需在合同中明确禁止违法分包条款，并在施工过程中加强监管；若您是承包方或实际施工人，应保留分包合同、施工记录、验收文件等证据，以便在纠纷中主张权利。具体案件需结合分包内容、合同履行情况等综合判断，如有进一步疑问，可直接向我咨询。