当您在工作中遭受两处工伤并持有两个工伤证时，赔偿问题的确定确实需要综合考虑多方面因素，并遵循特定的法律程序和原则。以下是我为您详细梳理的赔偿流程和相关要点：
一、工伤认定流程
及时申请：无论您是在同一单位还是不同单位遭受工伤，都应在事故发生后或被诊断为职业病后，尽快由所在单位（若单位未及时申请，则您或您的近亲属、工会组织）在30日内（特殊情况可延长）向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
准备材料：申请时需准备相关证明材料，如事故报告、医疗证明、工作证明等，以证明工伤的发生和与工作的关联性。
二、劳动能力鉴定
鉴定申请：在您的伤情稳定后，若存在残疾或影响劳动能力的情况，应向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。
鉴定原则：对于同一器官或系统多处损伤，或一个以上器官不同部位同时受到损伤的情况，鉴定委员会会先对单项伤残程度进行鉴定。若几项伤残等级不同，以重者定级；若两项及以上等级相同，则可能晋升一级。例如，一处八级伤残和一处十级伤残，通常按八级赔偿；两处九级伤残，则可能按八级赔偿。
三、赔偿计算与方式
分别赔偿：
- 如果两处工伤发生在同一用人单位且在同一保险周期内，原则上应分别按照各自的工伤等级和赔偿标准进行计算和赔付。这包括医疗费、住院伙食补助费、交通食宿费用、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。
合并计算：
- 在某些特定情况下，如两处工伤导致的伤残等级可以合并计算，那么需要重新评估和鉴定伤残等级，以确保赔偿的公正性和合理性。这种情况下，赔偿标准可能会根据合并后的伤残等级进行调整。
赔偿项目详解：
- 医疗待遇：包括医疗费、住院伙食补助费、交通食宿费用等，这些费用通常由工伤保险基金支付。
- 停工留薪期工资：由所在单位按月支付，您的原工资福利待遇在停工留薪期内保持不变，一般不超过12个月，特殊情况可适当延长。
- 伤残待遇：根据您的伤残等级，您将获得一次性伤残补助金。对于五级至十级伤残，您还可能涉及一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金的领取。
四、特殊情况处理
- 如果其中一处工伤导致特别严重后果，如死亡或完全丧失劳动能力，那么应优先处理该工伤的赔偿事宜。
- 同时，还需要考虑两处工伤之间的相互影响，比如一处工伤是否加重了另一处工伤的伤情或治疗难度，这可能会影响最终的赔偿决定。
五、法律途径与时效
- 如果在赔偿问题上存在争议，您有权通过法律途径维护自己的权益。建议您咨询专业律师，了解具体的法律程序和诉讼要求。
- 请注意，工伤赔偿有一定的时效限制。您需要在规定时间内提出赔偿申请或提起诉讼，以免错过维权机会。
六、其他注意事项
- 如果两次工伤发生在不同用人单位，那么由各自的用人单位和工伤保险基金按照规定承担相应的赔偿责任。
- 如果用人单位未依法为您缴纳工伤保险费，那么在发生工伤事故后，由用人单位支付工伤保险待遇。如果用人单位不支付，工伤保险基金可能会先行支付，然后由社会保险经办机构向用人单位追偿。
综上所述，两处工伤的赔偿问题确实比较复杂，需要根据具体情况综合判断。我建议您及时咨询专业律师或相关机构，以确保自己的合法权益得到妥善维护。