结论：领导以迟到为由扣钱是否合法，需分情况判断，具体如下：

1. 若公司规章制度合法且已告知员工
   根据《劳动合同法》第四条，公司可依法制定规章制度，但需满足三个条件：

   • 内容合法（如扣款比例不超过月工资20%，且扣除后不低于当地最低工资标准）；
     
   • 经民主程序制定（如职工代表大会讨论）；
     
   • 已向员工公示（如培训、签字确认）。
     若符合上述条件，公司可按制度扣款，但需保留书面记录（如考勤表、扣款通知）。

2. 若公司规章制度不合法或未告知员工

   • 若制度未经过民主程序、未公示，或扣款比例违法（如一次性扣超过月工资20%），则属于违法行为；
     
   • 若公司以“迟到”为由随意扣款（如无制度依据、未明确扣款标准），员工可拒绝并要求补发工资。
     此时，员工可向劳动监察部门投诉（12333），或申请劳动仲裁主张权益。

3. 特殊情况：迟到是否构成“严重违纪”
   若员工频繁迟到（如每月超过5次），公司可能以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同，但需满足：

   • 制度中明确“频繁迟到属于严重违纪”；
     
   • 扣款或解除前已履行告知义务（如书面警告）。
     若公司未履行程序，员工可主张违法解除赔偿（2N个月工资）。

行动建议：

• 第一步：要求公司出示书面规章制度及扣款依据；
  
• 第二步：核对扣款是否符合法律比例（如月工资5000元，最多扣1000元）；
  
• 第三步：若公司违法，可先协商补发，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。
  

提示：若涉及具体金额或证据争议，建议提供劳动合同、工资条、考勤记录等材料，以便进一步分析。