结论：合同中约定工期不到90天就扣除3天工资是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和合同条款的合法性、合理性来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的合法性
劳动合同法的相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者订立的劳动合同应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。劳动合同的内容应当包括劳动报酬、工作时间、休息休假等必备条款。
- 如果合同中扣除工资的条款违反了法律法规的强制性规定，或者显失公平，那么该条款可能被认定为无效。例如，如果扣除工资的条款没有明确的法律依据，或者扣除的金额过高，超出了合理范围，那么这样的条款可能不合法。
工资支付的相关规定：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何克扣或者无故拖欠劳动者工资的行为都是违法的。
- 如果合同中扣除工资的条款没有合理的依据，或者用人单位无法证明扣除工资的合理性，那么这样的扣除行为可能构成违法克扣工资。
二、合同条款的合理性
工期与工资的关系：
- 工期是合同双方约定的完成工作的时间期限，而工资是劳动者提供劳动后应得的报酬。工期未达到约定天数，并不直接等同于劳动者未提供足够的劳动或存在违约行为。
- 如果合同中仅仅因为工期未达到约定天数就扣除工资，而没有考虑劳动者实际提供劳动的情况，这样的条款可能缺乏合理性。
扣除工资的合理性判断：
- 扣除工资应当有明确的依据和合理的理由。例如，如果劳动者存在迟到、早退、旷工等违反劳动纪律的行为，或者未按照合同约定完成工作任务，用人单位可以根据合同约定或规章制度扣除相应的工资。
- 但是，如果工期未达到约定天数是由于用人单位的原因（如设计变更、材料供应延迟等）导致的，那么将责任转嫁给劳动者并扣除其工资显然是不合理的。
三、建议与措施
审查合同条款：
- 建议您仔细审查合同中关于工期和工资支付的条款，确保这些条款合法、合理且明确。如果合同中存在模糊或不确定的表述，应当及时与用人单位沟通并明确约定。
协商与沟通：
- 如果您认为合同中扣除工资的条款不合法或不合理，可以与用人单位进行协商和沟通。尝试通过友好协商的方式解决争议，避免不必要的法律纠纷。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并保护劳动者的合法权益。
总结：合同中约定工期不到90天就扣除3天工资是否合法，需要结合合同条款的合法性、合理性以及实际情况来综合判断。如果您对此有疑问或担忧，建议您及时咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律建议。