结论前置：一般情况下，中介不付运费不能直接扣货，但具体是否可以扣货需分情况讨论。
- 从合同相对性角度分析
- 中介与货主、承运人之间通常存在不同的法律关系。货主与承运人之间是运输合同关系，货主有义务按照约定支付运费给承运人；而中介在运输法律关系中，可能是居间人，为货主和承运人提供订立运输合同的机会或者媒介服务。
- 如果中介仅仅是居间人，其并非运输合同的当事人，不承担支付运费的义务。此时，承运人不能因为中介不支付运费（中介本身可能没有支付义务）而扣货。因为扣货行为侵犯了货主对货物的所有权，货主有权要求承运人返还货物，并可能要求承运人承担因扣货造成的损失，如货物贬值损失、市场机会损失等。
- 从中介的特殊身份和约定角度分析
- 如果中介在运输过程中扮演了更复杂的角色，例如中介与货主约定由中介代为支付运费，或者中介以自己的名义与承运人签订运输合同（此时中介可能成为运输合同的当事人），那么情况会有所不同。
- 若中介与货主有代付运费的约定，当中介不履行代付义务时，货主可能需要根据与中介的约定来追究中介的违约责任，但这并不赋予承运人扣货的权利。承运人仍应向合同相对方（可能是货主或者作为合同当事人的中介）主张运费。
- 若中介以自己名义与承运人签订运输合同，当中介不支付运费时，承运人可以依据运输合同向中介主张运费。但在未通过合法途径（如协商、诉讼、仲裁等）解决运费支付问题之前，承运人直接扣货可能构成侵权。不过，如果承运人在运输合同中有明确的留置权约定（留置权是指债权人按照合同约定占有债务人的动产，债务人不按照合同约定的期限履行债务的，债权人有权依照法律规定留置该财产，以该财产折价或者拍卖、变卖该财产的价款优先受偿），并且符合留置权的行使条件（如债务已到期、留置财产与债权属于同一法律关系等），那么承运人可以依法行使留置权，暂时扣留货物，但应及时通知货主或中介，并在合理期限内通过合法途径处理货物以实现债权。
建议：如果遇到中介不付运费的情况，承运人应先与中介和货主进行沟通协商，明确各方的权利义务关系。如果协商不成，可以通过诉讼或者仲裁等合法途径来解决运费支付纠纷，而不是直接扣货，以免给自己带来不必要的法律风险。货主也可以根据与中介的约定，追究中介不履行义务的违约责任。