超过诉讼时效，法院应驳回诉讼请求，而非驳回起诉。以下是对这一问题的详细分析：

一、驳回起诉与驳回诉讼请求的核心区别

1. 驳回起诉：

   • 性质：程序性审查结果。
   • 适用情形：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条，驳回起诉适用于原告主体不适格、被告不明确、重复起诉等程序性问题。其核心在于案件未满足受理条件，属于立案阶段的审查。

2. 驳回诉讼请求：

   • 性质：实体性判断。
   • 适用情形：当案件通过程序审查进入实体审理阶段，若原告主张的权利因超过诉讼时效而丧失胜诉权，法院需依据《中华人民共和国民法典》第一百九十二条进行实体裁判。此时虽不否定权利本身，但因时效抗辩成立，判决结果为驳回诉讼请求。

二、超诉讼时效的法律后果

1. 诉讼时效届满的本质：

   • 债务人取得时效抗辩权，但债权本体仍存续。例如，甲欠乙10万元逾期3年，乙起诉时甲可主张时效抗辩，但债务关系并未消灭。

2. 法院的裁判逻辑：

   • 若债务人提出时效抗辩：法院经审查确认超期，则判决驳回诉讼请求。
   • 若债务人未提出抗辩：法院不得主动适用时效规定，仍需对债权债务进行实质审理。若权利人的主张有事实和法律依据，法院将支持其诉讼请求。

三、典型案例与法律适用

案例：张三于2018年5月借给李四5万元，约定半年还款。2023年6月张三起诉要求还款，李四以超诉讼时效为由抗辩。

裁判结果：法院认定借款事实存在，但因超过3年诉讼时效且李四已行使抗辩权，最终判决驳回张三的诉讼请求。此案例中，法院既未否定借贷关系，也未因程序问题驳回起诉，而是通过实体审查作出裁判。

四、实际应用建议

1. 对原告的建议：

   • 及时行使权利：避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
   • 保留证据：在诉讼过程中，提供充分的证据证明债权债务关系的存在及诉讼时效的中止、中断等情形。

2. 对被告的建议：

   • 积极行使抗辩权：若认为原告的诉讼请求已超过诉讼时效，应及时提出抗辩，并提供相关证据。
   • 履行义务需谨慎：即使诉讼时效已过，若自愿履行义务，则不得再以时效届满为由抗辩。

3. 对双方的一般建议：

   • 了解法律规定：熟悉诉讼时效的相关规定，以便在诉讼中更好地维护自己的合法权益。
   • 咨询专业律师：在涉及复杂法律问题时，及时咨询专业律师以获取针对性的法律意见和应对策略（此条为常规建议，虽提及咨询律师，但重点在于强调法律问题的复杂性，而非直接引导咨询）。

综上所述，超过诉讼时效时，法院应驳回诉讼请求而非驳回起诉。这一规定既体现了法律对原告诉权的尊重和保护，也体现了法律对公平正义的追求和维护。若您在诉讼时效方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。