农村建房只让建一层是否合法，不能一概而论，这主要取决于当地的土地利用规划、村庄规划以及具体的宅基地管理规定。以下从几个方面进行详细分析：
土地利用规划和村庄规划：
- 农村地区的土地利用和村庄建设通常受到土地利用规划和村庄规划的约束。这些规划会明确规定不同区域的建设要求，包括建筑高度、层数等。
- 如果当地规划明确规定农村建房只能建一层，那么在此区域内建房就必须遵守这一规定，否则可能构成违规建设。
宅基地管理规定：
- 宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地。宅基地的使用和管理通常受到《土地管理法》等相关法律法规的规范。
- 宅基地的具体使用要求，包括建筑层数，可能由当地政府或相关部门根据实际情况制定。因此，在申请宅基地建房时，应详细了解并遵守当地的具体规定。
特殊情况下的例外：
- 在某些特殊情况下，如因地形、地质条件限制或满足特定功能需求（如养老、医疗等），可能允许在宅基地上建设超过一层的房屋。但这种情况通常需要经过严格的审批程序，并符合相关规划要求。
法律后果：
- 如果未经批准或违反规定在宅基地上建设超过一层的房屋，可能面临被责令拆除、罚款等法律后果。同时，违规建设还可能影响房屋的合法性和后续的使用、转让等。
建议：
- 在计划在农村宅基地上建房前，应详细了解当地的土地利用规划、村庄规划以及宅基地管理规定。
- 如有疑问或需要申请建设超过一层的房屋，应及时向当地政府或相关部门咨询并办理相关审批手续。
- 遵守法律法规和规划要求，确保建房行为的合法性和合规性。
如果您在农村建房方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。