结论：履约保证金和质量保证金在工程竣工前通常不能一起收取，但工程竣工后可以根据合同约定收取质量保证金。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据及允许性
- 民法典原则：根据《中华人民共和国民法典》的意思自治原则，合同双方当事人在平等、自愿、公平的基础上协商一致，可以在合同中明确约定同时收取履约保证金和质量保证金，这种约定在一般情况下是合法有效的，对双方均具有法律约束力。
- 特定规定：对于工程项目，国务院《关于清理规范工程建设领域保证金的通知》以及住建部和财政部联合印发的《建设工程质量保证金管理办法》等文件有特别规定。这些规定指出，在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，建设单位不得同时预留工程质量保证金。这意味着，在工程竣工前的特定情境下，履约保证金和质量保证金不能同时收取。
二、履约保证金与质量保证金的区别与功能
履约保证金：
- 定义：为保证合同一方全面履行合同义务而设立的担保方式，涵盖合同从签订到履行完毕的整个过程。
- 作用：促使合同双方诚信履约，若一方违反合同主要条款，如无法按时交付货物或未按照约定完成工程进度，另一方有权扣除部分或全部履约保证金作为补偿。
质量保证金：
- 定义：主要针对合同标的的质量提供担保，确保合同标的物在一定期限内符合约定的质量标准。
- 作用：在质量保证期内，若发现标的物存在质量问题且交付方未能按约履行维修、更换等义务，接收方可以从质量保证金中扣除相应费用用于维修或弥补损失。
三、实际操作与合同约定
工程竣工前：
- 根据相关规定，在工程项目竣工前，不能同时收取履约保证金和质量保证金。因此，在这一阶段，合同双方应明确选择一种保证金方式，并在合同中作出相应约定。
- 若合同中同时约定了履约保证金和质量保证金，且未明确在工程竣工前如何处理，则可能因违反相关规定而导致部分条款无效。此时，双方应协商修改合同条款，以确保合同的合法性和有效性。
工程竣工后：
- 工程竣工后，双方可以根据合同约定收取质量保证金，以确保工程质量。此时，履约保证金可能已退还或转化为其他形式的担保，而质量保证金则作为工程质量保修期内的保障措施。
- 合同中应明确质量保证金的金额、退还条件、扣除方式等重要条款。例如，可以约定质量保证金为工程价款结算总额的一定比例（如3%），并在质保期届满后无息退还。
合同条款的重要性：
- 无论在任何情况下，合同双方都应在合同中明确约定保证金的金额、退还条件、扣除方式等重要条款。这些条款不仅有助于避免日后产生不必要的纠纷，还能确保合同的合法性和有效性。
- 合同条款的约定必须遵守相关法律法规的规定。例如，不得约定过高的保证金金额或违反法律法规的强制性规定。
四、法律后果与风险提示
法律后果：
- 若合同双方违反相关规定同时收取履约保证金和质量保证金，可能面临行政处罚或民事纠纷等法律后果。例如，建设单位可能因违反《建设工程质量保证金管理办法》的规定而被责令改正或罚款。
- 若因保证金问题引发民事纠纷，法院将根据合同约定和法律法规的规定进行裁决。若合同条款违反法律法规的强制性规定，则可能被认定为无效条款。
风险提示：
- 合同双方在签订合同时应谨慎处理保证金问题，确保合同的合法性和有效性。避免因违反相关规定而导致合同条款无效或引发不必要的法律纠纷。
- 在实际操作中，合同双方应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保保证金制度的合法性和有效性。若遇到问题或争议，应及时咨询专业律师并寻求法律帮助。
总结与建议：履约保证金和质量保证金在工程竣工前通常不能一起收取，但工程竣工后可以根据合同约定收取质量保证金。合同双方在签订合同时应明确约定保证金的金额、退还条件、扣除方式等重要条款，并严格遵守相关法律法规和合同约定。若遇到问题或争议，可直接向我咨询以获取专业法律帮助。