乡镇工作人员值班未到岗，纪委检查后的处理方式需根据具体情节和单位规章制度综合判断，通常包括以下几种情形：

1. 若属于首次轻微违纪且未造成严重后果
   根据《中国共产党纪律处分条例》第19条及《事业单位工作人员处分暂行规定》第16条，纪委可能采取以下措施：

   • 批评教育：通过谈话提醒、书面检讨等方式，要求当事人认识错误并整改；
     
   • 通报批评：在单位内部公开通报，起到警示作用；
     
   • 扣减绩效：依据单位考核制度，扣除当月或季度绩效奖金。
     

2. 若存在多次违纪或造成不良影响
   若值班未到岗行为频繁发生，或导致应急事件处理延误、群众投诉等后果，纪委可能升级处理：

   • 警告处分：给予党内警告或行政警告，处分期限一般为6个月；
     
   • 记过处分：情节较重的，给予记过处分，期限为12个月，期间影响晋升和评优；
     
   • 岗位调整：将当事人调离重要岗位，或取消其值班资格。
     

3. 若涉及严重失职或违法
   若因值班缺岗导致重大事故、财产损失或人员伤亡，可能构成《刑法》中的“玩忽职守罪”或“滥用职权罪”：

   • 刑事责任：依法移送司法机关追究刑事责任，最高可处7年有期徒刑；
     
   • 开除公职：根据《公职人员政务处分法》第14条，严重违纪违法者可直接开除。
     

处理流程参考：
纪委检查后通常按以下步骤处理：

1. 调查核实：通过调取监控、询问证人、查阅值班记录等方式确认事实；
   
2. 听取陈述：允许当事人说明情况（如因不可抗力缺岗需提供证明）；
   
3. 集体讨论：纪委委员会根据情节和制度规定提出处理建议；
   
4. 送达处分：以书面形式告知当事人处理结果，并归档备查。
   

建议：
若您或单位涉及此类情况，需结合具体证据（如缺岗时长、是否补岗、是否造成损失等）评估风险。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合最新党纪法规和实务案例为您详细分析。