结论：针对您老公公的房子被小叔子偷偷过户，之后协商说给您写个房子协议的情况，这样的协议在符合法律规定和具备一定条件的情况下是具有法律效力的。但具体是否有效，还需根据协议的具体内容、签订过程以及相关法律规定来综合判断。以下从多个角度为您详细分析：
协议的法律效力基础：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效需要满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗等条件。如果小叔子与您签订的关于房子的协议满足这些条件，那么该协议在法律上是有效的。
协议内容的关键性：
- 协议中应明确房子的具体信息（如地址、面积、产权证号等）、过户的原因、双方的权利义务、违约责任等关键内容。如果协议内容模糊、不明确或者存在重大误解、欺诈、胁迫等情形，可能会影响协议的效力。
签订过程的合法性：
- 协议的签订应当是双方自愿、平等、协商一致的结果。如果小叔子在签订协议时存在偷换概念、隐瞒真相等不正当手段，或者您是在被胁迫、欺诈的情况下签订的协议，那么该协议可能因签订过程不合法而无效。
产权变更的合法性：
- 既然房子原本属于老公公，那么小叔子偷偷过户的行为本身可能就涉嫌违法。如果老公公并未同意或不知情，且过户手续存在瑕疵（如伪造签名、提供虚假材料等），那么该过户行为可能被撤销或确认无效。在此情况下，即使小叔子与您签订了协议，也可能因基础产权变更的违法性而受到影响。
建议措施：
- 核实产权情况：首先，您需要核实房子的产权情况，包括产权证上的信息、过户手续是否合法等。
- 咨询专业律师：由于房产纠纷涉及复杂的法律关系和证据收集，建议您咨询专业律师，对协议的内容、签订过程以及产权变更的合法性进行全面评估。
- 考虑法律途径：如果协议存在瑕疵或产权变更不合法，您可以考虑通过法律途径（如起诉、申请撤销过户等）来维护自己的合法权益。
后续行动建议：在签订任何关于房产的协议之前，务必确保协议内容合法、明确，且签订过程合法、自愿。如果可能的话，最好在律师的见证下签订协议，以确保协议的法律效力。如果您在房产纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。