结论前置：工伤期间扣考勤费是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，若考勤费属于正常工资福利的一部分，单位在工伤期间扣除则不合法；若考勤费是额外管理费用且与工资福利无关，则可能合法。但更常见的是，单位不应扣除工伤职工在停工留薪期内的任何工资福利，包括考勤费（若考勤费与工资挂钩）。
法律背景与解释
停工留薪期工资福利不变原则：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 这里的“原工资福利待遇”通常指的是职工在正常工作时间内的工资收入及应享受的福利待遇，包括基本工资、奖金、津贴等。若考勤费与工资福利挂钩，则单位不应扣除。
考勤费的性质：
- 考勤费若被视为单位对职工出勤情况的一种管理费用或奖惩措施，且该费用并不直接构成职工工资福利的一部分，那么单位在工伤期间扣除考勤费可能有一定的合理性。但这种情况较为少见，且需具体看单位规章制度及劳动合同中的约定。
- 在实践中，更常见的是考勤费与工资福利紧密相关，如全勤奖、迟到早退扣款等，这些费用应视为工资福利的一部分，单位在工伤期间不应扣除。
特殊情况与处理：
- 如果单位规章制度或劳动合同中明确规定了考勤费的扣除方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位在工伤期间按照规定扣除考勤费可能是合法的。但这种情况需要严格审查相关规定的合法性及合理性。
- 若单位无正当理由扣除工伤职工在停工留薪期内的工资福利，包括考勤费（若与工资挂钩），则属于违法行为。职工有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身权益。
法律建议
审查单位规章制度及劳动合同：
- 职工应首先审查单位的规章制度及劳动合同，了解考勤费的扣除规定及工资福利的构成。
- 若发现单位规章制度或劳动合同中的规定违反法律法规或显失公平，职工有权提出异议并要求单位改正。
与单位协商：
- 在发现单位可能存在违法行为时，职工应首先与单位进行协商，寻求妥善解决方案。
- 协商过程中，职工可以引用相关法律法规及规章制度，明确表达自己的诉求及法律依据。
寻求法律援助：
- 若协商无果，职工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，寻求法律援助。
- 在投诉或申请仲裁时，职工应提供充分的证据证明单位的违法行为及自己的损失情况。
可能的法律后果
- 若单位被认定存在违法行为，可能需要承担补发工资、支付赔偿金等法律责任。
- 职工在维护自身权益的过程中，也可能面临一定的时间成本及经济成本，但这是为了保障自己的合法权益所必需的。
总结：工伤期间扣考勤费是否合法需根据具体情况判断。职工应首先审查单位规章制度及劳动合同，了解相关规定；若发现单位存在违法行为，应与单位协商或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。