关于迟到早退如何计算工资的问题，这确实是一个涉及劳动者权益和用人单位管理的重要话题。以下是我为您详细梳理的解答：

一、核心原则

首先，需要明确的是，用人单位因员工迟到早退而扣工资，必须遵循合法、合理、透明及公正的原则。扣款行为不仅需要有明确的法律依据或劳动合同约定，而且扣款标准应事先明确并告知劳动者，同时确保扣款金额不会超过法定限额，且劳动者的基本生活费用不会因此受到影响。

二、法律规定

1. 《劳动法》：该法明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。但如果劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

2. 《工资支付暂行规定》：该规定第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除。这为迟到早退可能导致的工资扣除提供了一定的法律依据。

三、常见扣工资方式

1. 固定金额扣款：每次迟到或早退扣除一个固定的金额。例如，公司规定每次迟到15分钟以内，扣除30元；迟到超过15分钟但在30分钟以内，扣除60元。

2. 按时间比例扣款：根据迟到或早退的时长占正常工作时间的比例来计算扣款金额。例如，某员工日薪为200元，每天工作8小时，每小时工资约为25元。如果该员工当天迟到1小时，那么就可以扣除他当天约25元的工资。

3. 累计次数扣款：设定一个迟到早退的次数阈值，达到该阈值后进行相应金额的扣款。例如，公司规定一个月内迟到早退累计达到3次的，从第4次开始每次扣除100元。

4. 全勤奖励扣除：不直接对迟到早退行为进行罚款，而是设立全勤奖。只要员工在一个月内没有迟到早退记录，就可以获得一定金额的奖励；反之，若有迟到早退情况，则取消全勤奖。

四、制定和执行注意事项

1. 制度合法性：用人单位制定的迟到早退扣工资制度必须符合法律规定，不能随意克扣员工工资。例如，不能将迟到几分钟就扣除大量工资，导致员工实际收入过低。

2. 制度合理性：扣款标准应合理且具有可操作性，要考虑到员工的实际情况和承受能力。对于因不可抗力因素（如交通拥堵、突发疾病等）导致的迟到早退，可以适当人性化处理，不完全按照制度进行扣款。

3. 制度公示性：用人单位应当将迟到早退扣工资的制度明确告知员工，可以通过员工手册、劳动合同附件等方式让员工知晓并签字确认。这样在执行扣款时才能有充分的依据，避免引发劳动争议。

五、劳动者权益保护

作为劳动者，您有权了解自己的权利和义务，对不合理的扣款行为有权提出质疑并要求解释。如果认为用人单位的扣款行为违法或不合理，您可以先与用人单位沟通协商；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

综上所述，迟到早退扣工资问题涉及多个法律知识点和实际操作细节。用人单位在制定和执行扣款制度时，应确保制度的合法性、合理性和透明度；而劳动者则应了解自己的权利和义务，积极维护自身合法权益。