动物诊疗机构药品未明码标价的，将面临责令改正、没收违法所得，并可处以罚款的处罚。具体分析如下：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国价格法》第十三条，经营者销售商品和提供服务，应当按照政府价格主管部门的规定明码标价，注明商品的品名、产地、规格、等级、计价单位、价格或者服务的项目、收费标准等有关情况。动物诊疗机构作为提供服务的经营者，其销售的药品同样需要遵守这一规定。
- 同时，《中华人民共和国价格法》第四十二条也明确规定了经营者违反明码标价规定的法律责任，即责令改正，没收违法所得，可以并处五千元以下的罚款。
处罚措施：
- 责令改正：价格主管部门在发现动物诊疗机构未明码标价时，首先会要求其立即改正，即按照规定对药品进行明码标价。
- 没收违法所得：如果动物诊疗机构通过未明码标价的方式获得了违法所得，价格主管部门将依法予以没收。
- 罚款：除了责令改正和没收违法所得外，价格主管部门还可以根据情节轻重，对动物诊疗机构处以五千元以下的罚款。
实际操作中的考量：
- 在实际操作中，价格主管部门会根据动物诊疗机构的违法情节、是否造成不良影响等因素，综合考量罚款的数额。如果动物诊疗机构能够积极配合调查、主动改正错误，且未造成严重后果的，可能会从轻或者减轻处罚。
- 此外，如果动物诊疗机构的行为同时违反了其他法律法规，如《中华人民共和国消费者权益保护法》等，还可能面临其他法律责任。
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