结论前置：协议两年不履行并不必然导致自动取消，合同的解除或失效需依据合同约定或法律规定来判断，并遵循相应的法定程序。下面我将从多个角度为您详细分析：
一、合同解除或失效的依据
依据合同约定：
- 如果协议中明确约定了一方未在特定期限内履行合同义务，另一方有权解除合同或合同自动失效等条款，那么当满足这些约定条件时，合同可以依据约定的方式失去效力。例如，若甲乙双方在合作协议中约定，甲应在协议签订后两年内完成某项任务，若逾期未完成则协议自动解除。在这种情况下，甲两年未履行义务，协议即可按约定作废。
依据法律规定：
- 一般法定解除权：根据《民法典》的相关规定，当出现因不可抗力致使不能实现合同目的、当事人一方迟延履行主要债务经催告后在合理期限内仍未履行等情形时，当事人可以解除合同。但需要注意的是，这些法定解除事由并不直接等同于“两年不履行自动取消”，而是需要满足一定的条件。
- 合同履行期限不明确：若合同对履行期限没有约定或约定不明确，且依据《民法典》的相关规定仍不能确定，债务人可以随时履行，债权人也可以随时请求履行，但应给予对方必要的准备时间。若债务人在给予必要准备时间后两年仍未履行，债权人可依法解除合同。但这种情况并不常见，且需要满足一定的条件。
二、两年未履行合同的影响
诉讼时效：
- 合同约定的履行期限届满后，如果超过两年仍然未履行，并且没有证据证明当事人在两年内主张过权利，那么可能超过诉讼时效，合同权利不再受法律保护。但这并不意味着合同自动作废，而是权利人可能失去了通过法律途径强制对方履行合同或要求赔偿的权利。
合同效力：
- 仅因两年未履行合同，并不能直接判定合同作废。合同的效力取决于合同条款、违约情况以及当事人的意愿等因素。如果合同中没有约定未履行合同达到一定期限即作废的条款，且没有出现法定解除事由，那么合同仍然有效，未履行合同义务的一方构成违约，需承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
三、建议与行动指南
- 检查合同条款：面对两年未履行的合同，您首先应检查合同条款，看是否有关于未履行合同期限的约定。如果有相关约定，且满足约定条件，您可以依据约定解除合同或要求合同失效。
- 协商与沟通：如果没有相关约定，且您希望解除合同，可以尝试与对方协商达成一致意见。通过友好沟通，双方可能能够找到共同的解决方案，避免法律纠纷。
- 法律途径：如果协商无果，且您认为对方的行为构成了违约或满足了法定解除事由，您可以考虑通过法律途径解决纠纷。您可以向法院起诉请求解除合同或要求对方承担违约责任。
总结来说，协议两年不履行并不必然导致自动取消。合同的解除或失效需依据合同约定或法律规定来判断，并遵循相应的法定程序。在处理此类问题时，建议您仔细审查合同条款、与对方进行友好沟通，并在必要时寻求法律帮助。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。