企业能否对两个主要负责人进行处罚，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司章程与内部规定：

   • 如果公司章程或内部规章制度中明确规定了，在特定情况下可以对两个或多个主要负责人同时进行处罚，且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么企业是可以依据这些规定对两个主要负责人进行处罚的。
   • 例如，若公司章程规定，在发生重大安全事故时，若主要负责人存在失职行为，公司有权对相关主要负责人进行罚款或解职等处罚，且这种规定得到了全体股东的同意并合法合规，那么企业就可以依据此规定对两个主要负责人进行处罚。

2. 法律法规的适用：

   • 在某些情况下，法律法规可能直接规定了企业可以对特定职位的人员进行处罚。然而，这些规定通常不会明确指出可以同时处罚两个主要负责人，而是会规定处罚的条件和程序。
   • 如果两个主要负责人都违反了相同的法律法规，且这种违反行为都达到了处罚的标准，那么企业理论上可以对他们分别进行处罚。但需要注意的是，处罚必须依法进行，不能随意扩大处罚范围或加重处罚力度。

3. 责任划分与公平性：

   • 在对两个主要负责人进行处罚时，企业需要考虑责任划分的问题。如果两个主要负责人在事故中的责任不同，那么处罚的力度和方式也应该有所区别。
   • 同时，企业还需要考虑处罚的公平性。如果处罚不公，可能会引发内部矛盾或法律纠纷。因此，企业在对两个主要负责人进行处罚时，应该确保处罚的依据充分、程序合法、结果公正。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在实际操作中，企业应该谨慎对待对两个主要负责人的处罚问题。首先，要确保处罚的依据充分且合法合规；其次，要确保处罚的程序公正透明；最后，要考虑处罚可能带来的后果和影响。
   • 如果企业不确定如何对两个主要负责人进行处罚，或者担心处罚可能引发法律纠纷，可以寻求专业法律人士的帮助和建议。

法律建议：

• 在制定公司章程或内部规章制度时，明确规定在特定情况下可以对两个或多个主要负责人同时进行处罚的条件和程序。
• 在对两个主要负责人进行处罚前，确保已经充分收集了相关证据并进行了责任划分。
• 考虑处罚的公平性和合理性，避免引发内部矛盾或法律纠纷。
• 如果不确定如何操作或担心法律风险，及时咨询专业律师以获取法律建议和支持。

总之，企业能否对两个主要负责人进行处罚取决于多种因素，包括公司章程、内部规定、法律法规的适用以及责任划分和公平性等。在实际操作中，企业应该谨慎对待这一问题并寻求专业法律人士的帮助和建议。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。