关于停运损失由保险公司赔付还是侵权人赔付的问题，这主要取决于保险合同的具体条款、相关法律规定以及实际情况。以下是对此问题的详细分析：
一、保险合同条款的约定
交强险：
- 交强险主要保障交通事故中对第三方人身伤亡和财产损失的基本赔偿，通常不涵盖停运损失这类间接损失。因此，在交强险范围内，停运损失一般不由保险公司赔付。
商业三者险：
- 商业三者险的赔偿范围因保险公司和合同条款而异。多数商业三者险条款会明确将停运损失等间接损失列为免责范围。然而，如果投保人在投保时特别约定将停运损失纳入保障范围，或者保险公司未对停运损失免责条款尽到充分的提示和明确说明义务，那么商业三者险可能需要对停运损失承担赔偿责任。
专门的停运损失险：
- 有些保险公司提供专门针对停运损失的保险产品。如果被保险人投保了此类保险，并且符合合同约定的理赔条件，那么保险公司需按合同约定赔偿停运损失。
二、法律规定
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，停运损失属于因侵权行为导致的财产损失范畴，责任人应予以赔偿。这意味着，在侵权行为导致营运车辆停运的情况下，侵权人需承担赔偿停运损失的责任。
三、司法实践与赔偿顺序
- 在多数司法实践中，法院支持保险公司关于停运损失属于免责条款范围的抗辩理由，判决由侵权人承担赔偿责任。赔偿顺序通常为：先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额内赔偿（但交强险通常不赔偿停运损失）；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按合同约定赔偿（若合同未明确排除停运损失且保险公司尽到提示说明义务）；若仍不足或未投保商业保险，则由侵权人赔偿。
四、特殊情况下的保险公司责任
- 如果保险公司无法证明其对免责条款履行了充分的说明提示义务，免赔条款可能不生效。这要求保险公司在订立合同时，必须在投保单、保险单或其他保险凭证上作出明显提示，并以书面或口头形式向投保人明确说明条款内容。
五、建议与总结
- 在处理停运损失赔偿问题时，车主应首先查看保险合同中关于停运损失的约定，了解保险公司的赔偿范围和免责条款。
- 若涉及停运损失赔偿争议，建议收集并整理相关证据材料，如车辆登记信息、营运资格证明、停运时间证明、营运收入减少证明等，以证明停运损失及其合理性。
- 若保险公司拒绝赔偿停运损失，车主可通过协商或向法院提起诉讼的方式解决争议。在诉讼过程中，法院将根据具体证据和法律规定判定保险公司是否应承担赔偿责任。
综上所述，停运损失的承担主体主要是侵权人，但在特定情况下（如保险合同有特别约定或保险公司未充分履行说明提示义务），保险公司也可能需要承担停运损失费。因此，在处理相关纠纷时，应详细查阅保险合同条款，并结合法律法规和司法实践进行综合判断。