在综合工时制下，法定节假日的工作确实算作加班，并且其工资计算有着明确的规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、法定节假日加班的工资计算标准
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应支付不低于工资的百分之三百（300%）的工资报酬。这一规定同样适用于综合工时制。
具体计算方法： 法定节假日加班工资 = 加班工资基数 ÷ 21.75 × 300% × 加班天数
其中，21.75是月计薪天数，它是通过（365天 - 104天休息日）÷ 12个月计算得出的。加班工资基数通常按劳动合同约定确定，且不得低于当地最低工资标准。若合同无明确约定，则一般按劳动者本人正常劳动应得工资确定。
实例说明： 假设劳动者小张的月工资标准为6000元，他在国庆节（法定节假日）加班了1天。那么，他的加班工资计算如下： 加班工资 = 6000 ÷ 21.75 × 300% × 1 ≈ 827.59元
二、法定节假日在综合计算周期中的处理
在综合工时制中，法定节假日的工作时间独立核算加班工资，并且不计入综合计算周期内的正常工作时间。这意味着，即使劳动者在法定节假日加班，这部分时间也不会被纳入综合计算周期的总工作时间中来判断是否超时工作。
例如，某企业实行季度综合工时制，季度法定标准工作时间为500小时。员工小李在该季度内正常工作时间累计480小时，另在法定节假日加班8小时。这8小时将按300%计算加班工资，并且不会纳入480小时来判断是否超时工作。
三、注意事项与合规要求
加班工资基数的确定： 加班工资基数应明确约定在劳动合同中，且不得低于当地最低工资标准。若合同无明确约定，则按劳动者本人正常劳动应得工资确定。
企业审批要求： 企业实行综合工时制必须经劳动行政部门审批。未经审批擅自实行，即使与劳动者有约定，也可能被认定为无效，并需按标准工时制支付加班工资。
调休与加班费的选择： 根据相关规定，休息日加班可以通过调休来补偿，但法定节假日加班则必须支付加班费，不能通过调休来替代。
保障员工权益： 员工在法定节假日享有休息权利，企业应确保员工合法权益得到保障，合理安排工作时间，避免过度加班。
综上所述，综合工时制下的法定节假日工作时间计算及工资支付应遵循相关法律法规，确保制度的合法性和合理性，同时保障员工的休息权利和加班补偿。企业在制定和执行综合工时制时，应严格遵守相关规定，维护员工权益，促进和谐劳动关系的发展。