政府招商协议中的厂房免租条款，其性质究竟属于民事争议还是行政争议，需结合具体条款内容、协议签订主体及目的等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
从协议签订主体及目的来看：
- 若政府招商协议是政府作为一方主体，与企业或个人等民事主体签订，旨在通过提供厂房免租等优惠政策吸引投资、促进地方经济发展，且协议内容主要围绕厂房租赁、免租期限、租金支付方式等民事权利义务关系展开，那么该条款更倾向于被认定为民事争议范畴。因为此时政府的行为更接近于一种民事法律行为，即政府作为民事主体参与市场活动，与企业或个人等民事主体在平等、自愿的基础上达成协议。
- 若政府招商协议是政府基于行政管理职能，与企业或个人签订，且协议中除了厂房免租条款外，还涉及政府对企业或个人的行政管理、监督、指导等内容，如要求企业达到一定的投资规模、产值、税收等条件，那么该条款可能更倾向于被认定为行政争议范畴。因为此时政府的行为更接近于一种行政法律行为，即政府作为行政主体，在行使行政管理职权过程中与企业或个人等行政相对人签订协议。
从条款内容来看：
- 若厂房免租条款是协议中的一项独立条款，且该条款的签订、履行、变更、解除等均遵循民事法律规范，如《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同的规定，那么该条款更可能被认定为民事争议。因为此时条款的内容主要涉及民事权利义务关系，且受民事法律规范的调整。
- 若厂房免租条款与政府的其他行政管理行为紧密相连，如作为政府对企业或个人进行行政许可、行政处罚、行政强制等行政行为的一部分，那么该条款可能更倾向于被认定为行政争议。因为此时条款的内容不仅涉及民事权利义务关系，还涉及行政法律关系，且受行政法律规范的调整。
从争议解决方式来看：
- 若双方因厂房免租条款发生争议，且协议中明确约定了争议解决方式为民事诉讼或仲裁，那么该争议更可能被认定为民事争议。因为此时双方已经通过协议方式选择了民事争议解决机制。
- 若双方因厂房免租条款发生争议，且该争议与政府的行政管理行为密切相关，如涉及政府对企业或个人的行政处罚、行政强制等，那么该争议可能更倾向于被认定为行政争议。因为此时争议的解决可能需要通过行政复议或行政诉讼等行政争议解决机制进行。
建议：在签订政府招商协议时，双方应明确协议的性质、目的及争议解决方式，以避免后续因条款性质不明而引发争议。若发生争议，建议根据具体情况咨询专业律师，以便更准确地判断争议性质并选择合适的争议解决方式。
总结来说，政府招商协议中的厂房免租条款性质需根据具体情况综合判断，可能涉及民事争议或行政争议。在签订协议及处理争议时，应充分考虑协议签订主体、目的、条款内容及争议解决方式等因素。