公租房协议纠纷既可能属于民事纠纷，也可能涉及行政纠纷，具体取决于纠纷的性质和争议点。以下从不同角度为您详细分析：
一、民事纠纷角度
合同关系基础：
- 公租房协议本质上是出租人（通常是政府或相关机构）与承租人之间就公房租赁事宜达成的协议。双方围绕该合同产生的纠纷，如租金支付、房屋使用、维修责任等，本质上属于平等主体之间的民事争议。
- 在这类纠纷中，双方的法律地位是平等的，争议的内容主要围绕合同的履行、解释和解除等民事法律关系。
民事诉讼途径：
- 如果公租房协议纠纷仅涉及合同履行问题，如租金支付、房屋使用等，且双方无法通过协商解决，那么承租人或出租人可以向人民法院提起民事诉讼，寻求司法救济。
二、行政纠纷角度
行政协议性质：
- 根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》，公租房合同作为政府为了实现公共租赁住房保障目的而与承租人签订的协议，具有行政协议的性质。它涉及公共资源的分配和管理，具有鲜明的公共利益属性。
- 在这类协议中，政府或相关机构作为出租方，其行使的是行政管理职能，因此协议的内容往往受到政府政策的严格约束。
行政诉讼途径：
- 如果公租房协议纠纷涉及政府对公共资源的管理和分配，或者行政机关的具体行政行为（如公房的调配、收回等），且承租人认为该行为违法或不当，那么这种纠纷可能转化为行政争议。
- 在这种情况下，承租人可以通过行政复议或行政诉讼的方式寻求救济，维护自己的合法权益。
三、特殊情况下的法律性质及解决途径
涉及行政行为的情况：
- 当公租房协议纠纷的产生是基于行政机关的具体行政行为时，例如政府公房管理部门以行政命令的方式收回公房，承租人认为该行为违法，这种纠纷应通过行政复议或行政诉讼的方式解决。
- 在这种情况下，由于涉及行政权力的行使，纠纷不再属于平等主体之间的民事纠纷，而是转变为行政争议。
历史遗留问题：
- 对于一些历史遗留的落实政策性质的公房租赁问题，通常涉及特定时期的政策调整和处理，不属于人民法院主管工作的范围。
- 当事人应向有关部门申请解决，通过行政途径寻求救济。
四、建议与指导
明确纠纷性质：
- 在处理公租房协议纠纷时，当事人应首先明确纠纷的性质和争议点。如果纠纷仅涉及合同履行问题，可以通过民事诉讼途径解决；如果涉及行政机关的具体行政行为或历史遗留问题，则应通过行政复议、行政诉讼或向相关部门申请解决。
寻求专业帮助：
- 由于公租房协议纠纷可能涉及复杂的法律关系和政策规定，当事人在处理过程中可能会遇到诸多困难。因此，建议当事人在必要时寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到有效保护。
保留相关证据：
- 无论纠纷性质如何，当事人都应保留好与纠纷相关的所有证据，如合同、支付凭证、沟通记录等。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
综上所述，公租房协议纠纷的法律性质并非一成不变，而是根据具体情况来判断。如果您在处理公租房协议纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。