结论：企业在破产终结且法院出具终结裁定后，申请人通常不能直接将破产单位作为被申请人申请仲裁，但存在特定例外情形。以下从不同角度详细分析：
一、一般原则：破产终结后仲裁申请受限
根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，当人民法院受理破产申请后，尚未终结的涉及债务人的民事诉讼或仲裁应当中止；在管理人接管债务人财产后，这些诉讼或仲裁可以继续进行。然而，一旦法院出具破产终结裁定，意味着破产程序已经结束，破产企业的法律主体资格在清算完毕后可能被注销，此时破产企业已不具备作为仲裁被申请人的主体资格。因此，在一般情况下，申请人不能直接将破产单位作为被申请人申请仲裁。
二、特定例外情形：仲裁申请仍可能成立
尽管存在上述一般原则，但在某些特定情形下，申请人仍可能将破产单位（或其相关责任主体）作为被申请人申请仲裁：
破产程序终结前已启动仲裁程序：
- 如果在破产程序终结前，申请人已经启动了仲裁程序，并且仲裁庭已经受理了案件，那么即使破产程序终结，仲裁程序仍可能继续进行。这是因为仲裁庭的管辖权已经确立，且仲裁程序具有相对独立性。
涉及破产企业相关责任主体的争议：
- 如果争议涉及破产企业的相关责任主体（如股东、董事、监事、高级管理人员等），且这些责任主体在破产程序中未被充分追究责任，申请人可能仍有权针对这些责任主体提起仲裁。例如，如果破产企业的股东存在抽逃出资、未履行出资义务等行为，导致破产企业财产减少，损害了债权人的利益，债权人可以针对这些股东提起仲裁。
仲裁协议或条款的独立性：
- 如果申请人与破产企业之间存在有效的仲裁协议或条款，且该协议或条款独立于破产程序存在，那么申请人可能仍有权依据该协议或条款提起仲裁。然而，需要注意的是，在破产程序终结后，破产企业的财产可能已经被分配完毕，此时即使仲裁裁决支持了申请人的请求，也可能面临执行困难的问题。
三、法律建议与注意事项
及时申报债权与仲裁事项：
- 在破产程序中，申请人应及时向破产企业的管理人申报债权与仲裁事项，以确保自身权益得到保障。如果错过申报期限，可能会影响后续仲裁程序的进行。
评估仲裁的可行性与风险：
- 在考虑提起仲裁前，申请人应充分评估仲裁的可行性与风险。这包括评估破产企业的财产状况、仲裁协议的有效性、仲裁程序的成本与时间等因素。
寻求专业法律支持：
- 由于破产与仲裁程序均涉及复杂的法律问题，申请人应寻求专业律师的支持与指导。我可以为你提供全面的法律分析与建议，帮助你制定合适的法律策略。
关注破产程序终结后的法律后果：
- 破产程序终结后，破产企业的法律主体资格可能被注销，此时需要关注相关法律后果对仲裁程序的影响。例如，如果破产企业已被注销，那么仲裁裁决可能无法直接针对破产企业执行，而需要针对其他相关责任主体执行。
总结：企业在破产终结且法院出具终结裁定后，申请人通常不能直接将破产单位作为被申请人申请仲裁。然而，在特定情形下（如破产程序终结前已启动仲裁程序、涉及破产企业相关责任主体的争议、仲裁协议或条款的独立性等），仲裁申请仍可能成立。因此，在考虑提起仲裁前，申请人应充分评估各种因素并寻求专业法律支持。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律分析，请随时向我咨询。